Bên cạnh những cơ hội phát triển, trong những năm tới ngành thủy sản Việt Nam vẫn còn phải vượt qua rất nhiều thách thức lớn.
Thứ nhất, thị trường xuất khẩu thủy sản thế giới ngày càng xuất hiện nhiều đối thủ mới cũng như tính cạnh tranh giữa các nước xuất khẩu thủy sản ngày càng tăng dưới tác động của xu hướng tự do hoá thương mại. Trong khi đó nền thủy sản trong nước dù đã có nhiều thành tựu tiến bộ song vẫn bộc lộ những điểm yếu kém chưa khắc phục được, đồng thời cơ sở vật chất đã lạc hậu không đáp ứng được các nhu cầu của thời đại, hiệu quả đánh bắt và nuôi trồng thủy sản còn phụ thuộc nhiều vào điều kiện tự nhiên. Đối với ngành chế biến thủy sản thì
hầu hết đều chưa có quá trình tự động hoá trong sản xuất, giá thành không ổn định, sức cạnh tranh của các sản phẩm còn kém. Đặc biệt trong thời đại hiện nay việc xuất khẩu các sản phẩm mới chỉ qua sơ chế hay đông lạnh không còn phù hợp nữa, bên cạnh đó việc không có được (hay chưa xây dựng được) các nhãn hàng có uy tín, bán với giá thấp hơn so với các sản phẩm của các nước khác sẽ ảnh hưởng khá nghiêm trọng tới khả năng cạnh tranh của thủy sản Việt Nam với các nước xuất khẩu thủy sản khác.
Thứ hai, các nước phát triển vừa tiến hành giảm thuế, dỡ bỏ hàng rào phi thuế quan nhưng lại vừa đưa ra các quy định chặt chẽ hơn về an toàn vệ sinh thực phẩm, các biện pháp phòng vệ thương mại. Điều này tác động không tốt đến các mặt hàng được sản xuất ở các nước đang phát triển (đặc biệt là đối với mặt hàng nông sản, thủy sản) do nó tác động làm tăng chi phí sản xuất, cũng như các nước phát triển áp dụng các biện pháp này như một rào cản đối với hàng hoá các nước.
Thứ ba, khó khăn nảy sinh từ bản thân các thị trường xuất khẩu thủy sản của Việt Nam. Thị trường Châu Á là thị trường trọng điểm về xuất khẩu thủy sản của Việt Nam nhưng thời gian gần đây cũng có nhiều biến động. Nhật Bản trong những năm gần đây nhìn chung đã bão hoà và khó tăng nhanh về sản lượng nhập khẩu thủy sản, bên cạnh đó việc xuất hiện và cạnh tranh của các nước xuất khẩu khác cũng gây rất nhiều khó khăn cho việc duy trì thị phần của thủy sản Việt Nam ở khu vực này. Trong những thị trường có mức thu nhập cao như EU, Mỹ thì tỷ trọng hàng thủy sản Việt Nam còn thấp do các quy định về chất lượng và an toàn vệ sinh hàng thủy sản. Còn các thị trường khác thì tỷ trọng xuất khẩu của hàng thủy sản Việt Nam là rất nhỏ, chưa được quan tâm đúng mức và chưa khai thấc được tiềm năng của các thị trường này.
Thứ tư, Việt Nam luôn ở trong tình trạng thiếu thông tin thị trường, năng lực quản lý còn kém, kinh nghiệm và kiến thức, cách thức tiếp cận thị trường cũng như khả năng phát triển hệ thống kinh doanh và phản ứng với sự thay đổi chính sách thường chậm.
Thứ năm, năng lực cạnh tranh và tính năng động của nền kinh tế còn yếu, cơ cấu kinh tế, cơ cấu đầu tư còn nhiều bất hợp lý, cơ chế thị trường còn nhiều vấn đề chưa được giải quyết. Hệ thống tài chính còn nhiều vấn đề bất cập, cũng như trình độ công nghệ còn thấp, cải cách diễn ra chậm chạp, tư duy còn thấp đã gây ra những khó khăn cho khả năng tiếp cận, thâm nhập các thị trường của các mặt hàng của Việt Nam trong đó có thủy sản.