Như đã trình bày ở trên, tác động lớn nhất đến môi trường không khí là mùi hôi từ phân heo bò, mà lượng phân này là nguồn có khả năng sinh ra năng lượng khá lớn. Vì vậy, để vừa hạn chế ảnh hưởng đến môi trường vừa có lợi về kinh tế, Dự án đề xuất biện pháp xử lý là toàn bộ lượng phân heo bò sinh ra tại các khâu của Lò mổ đều được thu gom gọn gàng hàng ngày tập trung vào các hầm biogas để xử lý và thu hồi khí sinh học.
+ Tại chuồng trại nhốt heo bò: dùng hệ thống thủy lực đẩy toàn bộ lượng
phân trong chuồng theo mương dẫn vào hầm biogas đã thiết kế và xây dựng sẵn. Như vậy, cả lượng phân và lượng nước vệ sinh chuồng đều được thu vào hầm
biogas. Do lượng phân sinh ra mỗi ngày khá lớn, vì vậy để giảm thiểu mùi hôi phát sinh từ lượng phân này mỗi ngày nên thực hiện 03 lần vệ sinh như vậy, 01 lần vào buổi sáng, 01 lần vào buổi trưa và 01 lần vào chiều tối.
+ Tại dây chuyền giết mổ: Khi tiến hành làm lòng heo bò, lượng phân thải
từ lòng, bao tử sẽ được công nhân súc đổ vào các thùng đặc chủng bằng inox đặt tại các vị trí làm lòng. Sau khi thùng đầy sẽ có công nhân đẩy các thùng đến vị trí mương thu của hầm biogas và đổ xuống. Tại dây chuyền giết mổ còn có một lượng phân và tiết rơi vãi, sau khi chấm dứt ca hoạt động, công nhân vệ sinh tiến hành vệ sinh nhà xưởng bằng các vòi nước áp lực để tống hết lượng phân rơi vãi vào hầm biogas.
