Bờn cạnh những ưu điểm thỡ cụng tỏc kế toỏn cũng tồn tại những vướng mắc cần giải quyết:
Về cụng tỏc luõn chuyển chứng từ: cỏc chứng từ kế toỏn luõn chuyển chưa hợp lý. Chứng từ được chuyển lờn phũng Tài chớnh của cụng ty nhiều khi chưa kịp thời khiến cho cụng việc tập hợp và bỏo cỏo thường chậm.
Về việc lập bảng kờ chứng từ hàng hoỏ mua vào: mặc dự cụng ty lập bảng kờ theo đỳng mẫu qui định của nhà nước tuy nhiờn cụng ty lại theo dừi tất cả cỏc mặt hàng cú thuế suất khỏc nhau trờn cựng một bảng kờ khai nờn khú kiểm tra.
Về việc lập sổ chi tiết tài khoản thuế GTGT: để theo dừi thuế GTGT được khấu trừ cụng ty chỉ sử dụng một tài khoản chi tiết là 1331. Do cụng ty nhập khẩu uỷ thỏc dược phẩm như vậy sẽ phỏt sinh thuế GTGT hàng nhập khẩu vậy mà cụng ty lại cho gộp hết vào TK 1331 điều này sẽ ảnh hưởng đến cụng tỏc quản lý của cụng ty.
Về việc sử dụng hệ thống sổ kế toỏn: tuy cụng ty đó ỏp dụng đủ cỏc loại sổ theo yờu cầu nhưng mẫu sổ: sổ đăng ký chứng từ ghi sổ, chứng từ ghi sổ chưa phự hợp với qui định. Sổ đăng ký chứng từ ghi sổ và chứng từ ghi sổ được dựng thành một loại sổ chung _Sổ đăng ký chứng từ ghi sổ. Đặc biệt năm 2006 BTC đó đưa ra chế độ kế toỏn mới ( ban hành theo quyết định số 15/2006/QĐ-BTC ngày 20 thỏng 3 năm 2006 của Bộ trưởng BTC), trong đú đưa ra mẫu sổ mới cho hỡnh thức Chứng từ ghi sổ. Bờn cạnh đú cụng ty chưa hoạch toỏn đỳng theo chế độ đối với tài sản cố định do đú chưa mở theo dừi Tài khoản 13312. Việc hoạch toỏn như trờn là chưa đỳng gõy thiệt hai cho cụng ty ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của cụng ty.
Về việc sử dụng chứng từ kế toỏn: trong quỏ trỡnh mua hàng cụng ty sử dụng phiếu nhập kho khụng đỳng như mẫu ban hành của BTC. Đồng thời việc sử dụng hoỏ đơn bỏn hàng kiờm phiếu xuất kho sẽ gõy khú khăn cho cụng tỏc quản lý của cụng ty.