4. Kết quả xác định và so sánh trình tự của genDREB1 ở ba giống đậu
4.1. So sánh trình tựnucleotide của genDREB1 ở ba giống đậutƣơng
4.1. So sánh trình tự nucleotide của gen DREB1 ở ba giống đậu tƣơng địa phƣơng CYS, CPB và VNS phƣơng CYS, CPB và VNS
Để xác định chính xác trình tự nucleotide của gen DREB1 đã đƣợc tách
dòng, chúng tôi tiến hành gửi đọc trình tự nucleotide trên máy đọc trình tự
M 1 2 3 2886bp 717bp 3kb 1kb M 1 2 3 2886bp 717bp 3kb 1kb
nucleotide tự động ABI PRISM@
3100 Advant Genetic Analyzer. Kết quả xác
định trình tự đƣợc so sánh trên BLAST của Ngân hàng gen NCBI cho thấy ,
trình tự gen DREB1 mà chúng tôi phân lập có độ tƣơng đồng cao (trên 99%)
so với trình tự gen DREB1 trên NCBI. Nhƣ vậy, trình tự gen DREB1 của 3
mẫu nghiên cứu đã đƣợc xác định chính xác.
Sau khi so sánh trình tự gen, chúng tôi nhận đƣợc đoạn mã hóa của gen
DREB1 ở ba mẫu đậu tƣơng CYS, CPB và VNS có chiều dài lần lƣợt là: 704
bp (CYS); 705 bp (CPB) và 705 bp (VNS)
Để xác định sự khác biệt về trình tự nucleotide , chúng tôi tiến hành so
sánh trình tự nucleotide của gen DREB1 phân lập từ ba giống đậu tƣơng CYS,
Khi so sánh trình tự nucleotide của gen DREB1 ở giống đậu tƣơng CYS, CPB và VNS, chúng tôi nhận thấy trình tự nucleotide của ba mẫu nghiên cứu có độ tƣơng đồng cao với hệ số tƣơng đồng là 99,4% đến 99,9%. Trong đó, trình tự nucleotide của giống đậu tƣơng CYS và CPB sai khác ở 5 vị trí lần lƣợt là 60, 627, 634, 678 và 700; trình tự nucleotide của giống đậu tƣơng CYS và VNS sai khác ở 4 vị trí lần lƣợt là 627, 634, 678 và 700; trình tự nucleotide của giống đậu tƣơng CPB và VNS sai khác ở 1 vị trí là 60 (Bảng 3.2).
Hình 3.5. So sánh trình tự nucleotide của gen DREB1 ở ba giống đậu tƣơng địa
Bảng 3. 2. Vị trí khác biệt về trình tự nucleotide của gen DREB1 ở CYS, CPB và VNS 60 627 634 678 700
CYS C G C T -
CPB T T G G A
VNS C T G G A
Đặc biệt, ở vị trí 700, giống CPB và VNS là nucleotide A còn giống CYS bị thiếu hụt mất nucleotide ở vị trí này nên kích thƣớc đoạn mã hóa của gen
DREB1 ở giống CYS dài 704 bp, còn đoạn mã hóa của giống CPB và VNS dài
705 bp. Nhóm chịu hạn tốt (CYS) về trình tự nucleotide so với nhóm chịu hạn kém (CPB và VNS) khác biệt ở 3 vị trí 627, 634, 678 (bảng 3.2).