Cơ chế bệnh sinh của LBĐ không rõ. Hội chứng lupus xuất hiện sau một thời gian dài dùng thuốc. Nhiều điểm cần phân biệt lupus do thuốc và lupus ban đỏ hệ thống.
Lupus do thuốc thường lành tính, biểu hiện bởi sốt, viêm khớp, viêm bao hoạt dịch, và nổi ban đỏ nhưng không có tổn thương phủ tạng (viêm thận và hệ thống thần kinh trung ương hiếm gặp). Bệnh cảnh có thể gặp do phát hiện tình cờ kháng thể kháng nhân dương tính (anti ds DNA âm tính và anti Histon dương tính). Một số thuốc như procainamide, hydralazine, isoniazide)
Kháng thể kháng nhân hiện diện thuộc kháng thể anti histon H2A và anti H2B của lớp IgG gặp trong lupus do D penicillamid, procainamid, quinidin. Trong lupus do hydralazin kháng thể antiH3 và H4 đơn thuần không gắn với DNA
Mặt khác không bao giờ có anti-DNA chuổi kép hay anti- Sm trong lupus do thuốc tuy nhiên anti DNA chuổi kép lớp IgM có thể có và bổ thể thường không giảm
Một số thuốc đã được nhắc đến do khả năng khởi động tự tiêu tế bào và giải phóng kháng nguyên nhân. Giả thuyết cấp nhận nhất là khả năng thuốc làm thay đổi cân bằng Th1/Th2 theo chiều hướng hoạt hoá Th2 và Th2 kích thích tế bào lympho B tự phản ứng với các kháng nguyên giải phóng từ hiện tượng tự tiêu tế bào. Giả thuyết này được chứng minh thêm khi điều trị các anti cytokin có hiệu quả ở bệnh
anti -TNF gây ra hội chứng lupus khoảng 10% bệnh nhân. Ngược lại tiê m IFN-α kích thích Th1 dễ tạo thuận cho bệnh Hashimoto, bệnh tự miễn mà vai trò Th1 chiếm chủ yếu.
Không chỉ có thuốc mới gây bệnh tự miễn mà một số tác nhân vật lý như tia cực tím cũng có thể dẫn đến phản ứng tự miễn. Hiện tượng này gắn với sự tự tiêu tế bào của tế bào bì do tia cực tím dẫn đến sự bộc lộ kháng nguyên nhân và đáp ứng tự miễn đặc trưng của bệnh lupus.