Tuy đã có nhưng quy định và thông tư huớng dẫn việc thực hiện bảo lãnh thông quan cho các ngân hàng và doanh nghiệp thực hiện theo nhưng những quy định này mới chỉ dừng lại ở mức huớng dẫn thực hiện bảo lãnh thuế nhập khẩu hàng tiêu dùng. Trong khi đó những lĩnh vực mà doanh nghiệp cần được bảo lãnh thì rất nhiều. Hơn nữa các quy định này vẫn chưa quy định một cách đầy đủ những vấn đề cần thiết, như ví dụ về việc thời hạn bảo lãnh nộp thuế hay các mẫu cam kết bảo lãnh nộp thuế như đã nói ở trên.
Những quy định về trách nhiệm và những ràng buộc giữa ngành Hải quan và ngân hàng vẫn còn lỏng lẻo, chưa có được sự trao đổi thông tin thật sự giữa ngân hàng và Hải quan. Việc thu thập thông tin về doanh nghiệp để xác định rủi ro thì Hải quan và ngân hàng vẫn mạnh ai nấy làm nên các quy trình kiểm tra cho phép doanh nghiệp xuất nhập khẩu của hải quan cũng như quy trình kiểm tra mức tin cậy, rủi ro của doanh nghiệp để ngân hàng ra quyết định bảo lãnh cũng còn nhiều phức tạp, mất thời gian.
Về phía doanh nghiệp, có nhiều doanh nghiệp lợi dụng bảo lãnh của ngân hàng để trốn thuế, lậu thuế gây rủi ro lớn cho ngân hàng cũng như khó khăn cho việc thu hồi thuế của hải quan. Cũng có nhiều doanh nghiệp vẫn chưa thực sự biết tới nghiệp vụ này của ngân hàng, do đó vẫn phải bỏ thời gian công sức cho các thủ tục hải quan, đặc biệt là với những doanh nghiệp ít thực hiện xuất nhập khẩu hàng hóa.
Việc thực hiện các hình thức khác của bảo lãnh thông quan cũng không phải đơn giản, một sớm một chiều vì những lý do như tâm lý doanh nghiêp : tâm lý e ngại trước những sản phẩm dịch vụ mới, tâm lý của người Việt Nam thường không tin tưởng người khác mà thường tự làm mọi việc nhất là những công việc liên quan tới giấy tờ. Hoặc lý do cũng có thể ngay từ bản thân ngân hàng, với đội ngũ cán bộ chưa thực sự chuyên nghiệp hóa, chưa có những hiểu biết sâu về các lĩnh vực liên quan tới thuế quan…
Một trong những nguyên nhân không kém phần quan trọng đó là hệ thống pháp luật của Việt Nam chưa đồng bộ, không tạo được sự thống nhất, không bổ sung cho nhau, đôi khi còn có những mâu thuẫn. Thường là luật đi sau thực tế một thời gian dài với rất nhiều lấn sửa đổi, điều này tạo tâm lý e ngại cho ngân hàng khi phát triển những dịch vụ mới.