Hệ thống cơ sở vật chất của Ngân hàng hiện nay được đầu tư khá tốt. Ngân hàng đã thực hiện việc xây dựng, sửa chữa trụ sở hoạt động cho khang trang, trang bị hệ thống máy tính cho từng nhân viên với tốc độ xử lý cao, nối kết mạng từ Hội sở đến các Chi nhánh, trang bị hệ thống máy lạnh cho từng phòng ban, mua sắm xe ô tô phục vụ cho công tác thu tiền, mua sắm trang thiết bị phục vụ cho công tác giao dịch một cửa. Đến 31/12/2006 hệ thống máy móc, thiết bị tại Chi nhánh có giá trị khoảng 2,025 tỷ trong đó hệ thống máy tính là 1,345 tỷ. Hệ thống phần mềm máy tính là
0.791 tỷ.
AGRIBANK là ngân hàng đầu tiên hoàn thành giai đoạn I Dự án hiện đại hoá hệ thống thanh toán và kế toán khách hàng (phần mềm IPCAS). Dự án Hệ thống Thanh tốn Nội bộ Ngân hàng và Kế tốn Khách hàng (tên tiếng Anh là Intra-bank Payment and Customer Accounting System - viết tắt là IPCAS) của Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển Nơng thơn Việt nam là một trong số 7 tiểu dự án cấu thành dự án tổng thể Hiện đại hố Ngân hàng và Hệ thống Thanh tốn do WB tài trợ với tổng trị giá là 53 triệu USD. Dự án này bao gồm tiểu dự án Hệ thống Thanh tốn Điện tử Liên ngân hàng của Ngân hàng Nhà nước và 6 tiểu dự án của các NHTM thành viên là Ngân hàng Cơng thương Việt nam, Ngân hàng Ngoại thương Việt nam, Ngân hàng Đầu tư và Phát
triển Việt nam, Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển Nơng thơn Việt nam, Ngân hàng TMCP Xuất Nhập khẩu và Ngân hàng TMCP Hàng hải Việt nam, trong đĩ tiểu dự án của AGRIBANK là tiểu dự án lớn thứ hai (chỉ sau tiểu dự án của NHNN) với giá trị 10 triệu USD.
Hiện nay Ngân hàng đang triển khai thực hiện giai đoạn II, phục vụ cho việc thực hiện giao dịch một cửa đáp ứng tốt nhu cầu của khách hàng.
Hiện Ngân hàng đã kết nối mạng vi tính từ Trụ sở chính đến các chi nhánh trong toàn quốc, triển khai dịch vụ chuyển tiền điện tử, thanh toán song phương, dịch vụ thanh toán thẻ tín dụng quốc tế, dịch vụ thanh toán qua mạng SWIFT, kết nối thanh toán với các tổ chức kinh tế như Kho bạc Nhà nước, Ngân hàng City Banh, Đang triển khai dự án phát triển mạng WAN. Hoàn thiện hệ thống kết nối trực tuyến Host to Host với Western Union - Dịch vụ chuyển tiền nhanh hàng đầu thế giới tại Việt Nam với gần 2.000 điểm / 2.800 điểm chi trả
Vào ngày 2/11/2005 AGRIBANK đã ký kết Biên bản thoả thuận dịch vụ chuyển tiền qua mạng SWIFT với VIETCOMBANK.
Gần đây nhất, vào ngày 27/03/2007, tại Hà Nội, Ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển Nơng thơn Việt Nam (AGRIBANK) và Tập đồn FPT đã ký thoả thuận hợp tác chiến lược, nhằm chia sẻ các giá trị cùng cĩ lợi giữa 2 bên. Theo đĩ, FPT sẽ tư vấn, hợp tác xây dựng chiến lược hiện đại hố và tin học hố AGRIBANK một cách tồn diện, nhằm đáp ứng nhu cầu phát triển lâu dài của AGRIBANK. Quá trình này bao gồm nhiều hoạt động như: hoạch định lộ trình tin học hĩa, giới thiệu và xây dựng các giải pháp cơng nghệ thơng tin và viễn thơng; triển khai giải pháp cũng như vận hành, bảo trì và nâng cấp các hệ thống thơng tin của AGRIBANK…Với vị trí Tập đồn cơng nghệ thơng tin hàng đầu Việt Nam, với hệ thống các đối tác tồn cầu và đội ngũ cán bộ nhân viên dày dạn kinh nghiệm, FPT cam kết dành cho AGRIBANK sự hỗ trợ tốt nhất của mình Hai bên khẳng định sẽ cùng nỗ lực nghiên cứu, hợp tác và phát triển các cơ hội kinh doanh, bao gồm các cơ hội phát triển doanh nghiệp và ngành nghề kinh doanh mới. Ơng Đỗ Tất Ngọc - Chủ tịch HĐQT AGRIBANK khẳng định: Thoả thuận hợp tác giữa FPT và AGRIBANK là kết quả sự hợp tác lâu dài, ổn định và hiệu quả cho cả hai bên và
cĩ triển vọng tốt. Sự hợp tác với FPT - Một doanh nghiệp CNTT hàng đầu tại Việt Nam sẽ đĩng gĩp quan trọng trong việc tăng cường năng lực cơng nghệ và khả năng thích ứng với các yêu cầu của một ngân hàng thương mại hiện đại trong thời kỳ hội nhập. Hai bên sẽ hợp tác ngày càng hiệu quả hơn trong tương lai. Việc ký kết đã đánh dấu một bước phát triển trong quan hệ giữa FPT – AGRIBANK.