Luật NHNN 2010 ra đời và có hiệu lực từ ngày 01/01/2011 nhưng đến nay chưa có văn bản hướng dẫn thực hiện. trong khi đó Luật NHNN đã sửa đổi bổ sung thêm nhiều điều khoản mới, trong đó có Thanh tra, giám sát ngân hàng, gây khó khăn cho cơ quan thanh tra trong quá tình thực hiện Thanh tra, giám sát.
Các văn bản pháp luật quy định về Thanh tra, giám sát NHNN còn rời rạc thiếu tính thống nhất, các văn bản còn mâu thuẩn với nhau. Nên khi có vấn đề phát sinh lại dẫn chiếu đến nhiều văn bản pháp luật khác gây mất thời gian trong việc xử lý công việc đang phát sinh.
Trình tự thủ tục khi tiến hành thanh tra, giám sát còn nhiều vướng mắc do chưa có các văn bản hướng dẫn cụ thể trình tự thủ tục khi tiến hành thanh tra, giám sát. Mặt khác khi một văn bản mới có giá trị pháp lý cao đã có hiệu lực rồi thì vẫn áp dụng những văn bản hướng dẫn trước đó chưa được thay thế dẫn đến mâu thuẩn giữa văn bản mới với những văn bản trước đó.
Cơ cấu tổ chức của cơ quan Thanh tra, giám sát chưa được kiện toàn, các khâu trong hệ thống Thanh tra, giám sát chưa tập trung về một mối. Chưa có sự phối hợp đồng bộ trong hoạt động Thanh tra, giám sát giữa các Vụ thực hiện chức năng Thanh tra, giám sát.
Việc tuân thủ phương thức giám sát theo quy định của pháp luật còn yếu kém không theo kịp sự phát triển của hệ thống ngân hàng cũng như không phù hợp với thông lệ quốc tế.
Cơ quan Thanh tra, giám sát ngân hàng của NHNN chưa thống nhất được nội dung giám sát, nội dung trong tất cả các báo cáo cho các bên liên quan, mặt khác vụ thanh tra và vụ giám sát chưa phối hợp được trong việc xây dựng báo cáo giám sát.
Đội ngũ Thanh tra, giám sát trẻ chưa có trình độ chuyên môn và còn thiếu kinh nghiệm.
Chúng ta chưa tuân thủ hoặc mới chỉ tuân thủ một phần các nguyên tắc giám sát ngân hàng theo tiêu chí Basel 2 trong lộ trình cam kết gia nhập WTO, đây là một đòi hởi khách quan.