VI. Tổ chức thiết kế các khu bảo tồn
3.Giảm thiểu các tác động của vùng biên và những tác động gây chia cắt
Nói chung mọi người đều nhất trí rằng cần thiết kế các khu bảo tồn thế nào để giảm thiểu những nguy hại do hiệu ứng vùng biên. Những khu bảo tồn có hình tròn sẽ có tỷ lệ vùng biên nhỏ nhất, và vùng trung tâm của một khu bảo tồn như thế sẽ cách xa biên hơn là so với các khu bảo tồn có hình dạng khác. Những khu bảo tồn có hình chữ nhật và dài là có nhiều biên nhất và mọi điểm trong khu bảo tồn đều gần với biên. Áp dụng những lập luận như trên đối với các khu bảo tồn có dạng tứ giác thì sẽ thấy với cùng diện tích, một khu bảo tồn hình vuông sẽ tốt hơn một khu bảo tồn hình chữ nhật.
Tuy vậy, hầu hết các khu bảo tồn đều có hình dạng không đều vì thông thường các khu đất có được là do hoàn cảnh nhiều hơn là do những tính toán về hình học.
Nên tránh được càng nhiều càng tốt những chia cắt trong nội bộ các khu bảo tồn do làm đường, canh tác, đốn gỗ và các hoạt động khác của con người bởi vì sự chia cắt như vậy gây ra rất nhiều tác động xấu đến loài và quần thể. Các áp lực dẫn đến những chia cắt nêu trên là rất mạnh bởi vì các khu bảo tồn thường là những mảnh đất còn lại duy nhất cho các hoạtđộng phát triển mới như canh tác nông nghiệp, xây đập và lập các khu dân cư. Các nhà qui hoạch thường lập hệ thống đường giao thông và các công trình cơ sở hạ tầng khác trong các khu bảo tồn vì họ sẽ ít dụng phải những chống đối về chính trị hơn là khi chọn địa điểm dự án tại các khu dân cư.
Hiện đã có những chiến lược nhằm gắn kết các khu bảo tồn nhỏ lại thành những khu bảo tồn lớn. Các khu bảo tồn thường hay gắn liền với các khu vực được quản lý để khai thác, ví dụ như rừng khai thác gỗ, đất chăn thả hay đất canh tác.
Bất cứ nơi nào có thể đều nên có trọn vẹn một hệ sinh thái trong các khu bảo tồn, ví dụ như một lưu vực sông, hồ hay một dãy núi, bởi vì hệ sinh thái là đơn vị quản lý thích hợp nhất. Một bộ phận của hệ sinh thái bị hủy hoại do không được bảo vệ sẽ đe dọa đến sức sống của toàn bộ hệ sinh thái. Việc kiểm soát toàn bộ hệ sinh thái sẽ cho phép những người quản lý gìn giữ, bảo vệ một cách hiệu quả hơn khi phải đối phó với nhữngảnh hưởng có tính hủy hoại từ bên ngoài.