Thứ nhất, đại bộ phận cơ sở kinh doanh quy mô dưới doanh nghiệp tư nhân không quan tâm đến chế độ kế toán quốc dân mà phản ánh hoạt động kinh doanh theo logic thô sơ. Nguy hiểm hơn là họ cho rằng sổ sách kế toán là công cụ của cơ quan Nhà nước kiểm tra, kiểm soát họ mà không nghĩ rằng sổ sách, tài khoản,
chứng từ,…là những phương tiện căn bản giúp họ tiếp cận hoạt động kinh doanh một cách hệ thống để đánh giá, đo lường và phân tích kết quả kinh doanh cũng như dự báo tương lai.
Thứ hai, nền kinh tế Việt Nam vẫn là nền kinh tế tiền mặt. Hầu hết các hạch toán và giao dịch đều có thể dùng tiền mặt: tiền Việt, vàng và ngoại tệ (chủ yếu là đô la Mỹ). Điều này được các doanh nghiệp lập bộ hồ sơ thanh toán khống; không thực hiện đầy đủ chế độ hóa đơn chứng từ và đồng thời cơ quan thuế cũng khó phát hiện để ngăn chặn kịp thời.
Còn với các cá nhân, việc được trao tay những khoản thu trực tiếp bằng tiền mặt cũng giúp họ trốn được một số tiền thuế lớn do các cơ quan chức năng không thể kiểm soát và quản lý được giá trị thực lớn hơn rất nhiều so với giá trị được ghi nhận của những khoản thu này.
Thứ ba, một nguyên nhân không kém phần quan trọng trong đó chính là yếu tố con người. Do hạn chế về nguồn nhân lực, một số cán bộ còn thiếu tinh thần trách nhiệm trong quản lý nên vẫn còn tình trạng thất thu thuế, torng khi tình hình doanh nghiệp “ma” ngày càng nhiều. Mặc dù tập thể cán bộ của lực lượng Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự quản lý kinh tế và chức vụ- lực lượng chuyên trách trong điều tra về trốn và gian lận thuế đã tập trung tận lực nhưng vẫn chưa thể triệt phá hết.