Thứ nhất, hệ thống pháp luật của nước ta còn chưa đồng bộ, nhiều nội dung còn chồng chéo, gây khó khăn cho người thực hiện.
− Chính sách thành lập doanh nghiệp theo Luật doanh nghiệp khá thông thoáng, nhưng việc theo dõi nắm bắt tình hình hoạt động của doanh nghiệp đó như thế nào thì còn buông lỏng. Từ khâu hậu kiểm, quản lý doanh nghiệp sau giấy phép đến sự phối hợp giữa cơ quan thuế và các cơ quan quản lý Nhà nước còn nhiều kẽ hở, tạo điều kiện cho việc thành lập các doanh nghiệp “ma”. Mặt khác cơ chế thanh toán giữa các giao dịch kinh tế còn chưa bắt buộc thông qua hệ thống ngân hàng do vậy rất khó kiểm soát việc các hoạt động kinh tế đó đã phát sinh thực tế hay chỉ trên giấy tờ.
− Thiếu các quy định về nguyên tắc tổ chức hoạt động và cơ cấu tổ chức của bộ máy quản lý thuế và nguyên tắc xử lý mối quan hệ giữa các cơ quan quản lý thuế, đặc biệt trong xu thế quản lý thuế hiện đại.
− Luật Quản lý thuế năm 2006 chưa xác định rõ cơ chế bảo đảm thực hiện, vì vậy phần nào đã hạn chế tính khả thi của các quy định trong Luật Quản lý thuế và chính điều này chưa thực sự khuyến khích tính tuân thủ pháp luật của chủ thể có nghĩa vụ thuế. Chẳng hạn tại Điều 53, Luật quản lý thuế quy định trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp xuất cảnh “người Việt Nam xuất cảnh để định cư ở nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài, người nước ngoài trước khi xuất cảnh từ Việt Nam phải hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế. Cơ quan quản lý xuất nhập cảnh có trách nhiệm dừng việc xuất cảnh của cá nhân trong trường hợp chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế theo thông báo của cơ quan quản lý thuế. Với quy định này, nếu không xác định rõ cơ chế phối hợp giữa cơ quan quản lý thuế và cơ
quan công an thì chắc chắn điều luật này sẽ không có tính khả thi, bởi thực tế hiện nay Cục thuế địa phương không thể biết đối tượng nào nợ thuế đang chuẩn bị xuất cảnh để thông báo cho cơ quan quản lý xuất nhập cảnh và ngược lại.
− Luật Quản lý thuế năm 2006 đã quy định trách nhiệm việc cung cấp các thông tin, tài liệu của các bên có liên quan cho cơ quan thuế và ngược lại. Tuy nhiên chỉ cung cấp khi cơ quan thuế có yêu cầu, vì vậy có rất nhiều thông tin cần thiết nhưng cơ quan thuế không biết được đầu mối để cung cấp thông tin và yêu cầu cung cấp thông tin. Chẳng hạn, thông tin về tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp, thường các doanh nghiệp mở rất nhiều tài khoản ở các ngân hàng thuộc các địa phương khác nhau nhưng cơ quan thuế không biết doanh nghiệp mở tài khoản ở ngân hàng nào để yêu cầu cung cấp. Vì vậy, cần có quy định cụ thể trách nhiệm của ngân hàng phải thông báo tài khoản của doanh nghiệp cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý khi đăng ký tài khoản.
Thứ hai, công tác kiểm tra, giám sát và xử lý các vi phạm của các cơ quan chức năng cũng chưa được quyết liệt, nên nhiều doanh nghiệp đã lợi dụng lỗ hỏng này để khai man trốn thuế.
− Thiếu sự quyết liệt trong xử phạt, chế tài để xử phạt hành vi vi phạm chưa đủ mạnh để răn đe, việc bị phạt vài ba trăm hay ba triệu so với cái lợi của hàng trăm triệu, hàng tỷ trở lên thì phát thế không hiệu quả. Hiện nay hình phạt cao nhất quy định tại BLHS năm 1999 là 7 năm tù còn mức phạt tiền cao nhất chỉ giới hạn bằng 3 lần số tiền thuế trốn. Trên thực tế, thiệt hại do sử dụng hóa đơn không trung thực khiến Nhà nước thất thoát hàng trăm tỷ đồng. Có vụ án, một cá nhân chiếm đoạt nhiều tỷ đồng tiền thuế. Nếu không xử lý quyết liệt thì luật pháp không còn tính răn đe. Do đó, mặc dù đã được công luận cảnh báo cơ
quan chức năng nhưng tình hình tội phạm liên quan tới thuế vẫn phát triển nahnh, đa dạng, tinh vi và số tiền thuế chiếm đoạt ngày càng lớn. − Cơ quan thuế chưa thực sự chủ động trong công tác quản lý thuế. Một số cán bộ thuế chưa làm tròn trách nhiệm thậm chí thoái hóa, biến chất vì tư lợi riêng để lợi dụng. Không hiếm trường hợp chính cán bộ thuế gợi ý và tiếp tay cho một số cá nhân ăn cắp tiền thuế.
Thứ ba, sự yếu kém về mặt nhận thức của một bộ phận khá lớn công chúng và thói quen mua hàng lấy hóa đơn chưa hình thành, có nhiều trường hợp bị quy tội gian lận thuế không do chủ ý của cá nhân kinh doanh mà do hiểu không đúng các quy định của thuế. Về phía người tiêu dùng, bản thân họ tiếp tay một cách vô ý cho doanh nghiệp gian dối khi mua hàng không lấy hóa đơn. Hơn nữa họ cũng không có động cơ giữ hóa đơn. Vì vậy, nếu được người bán đề nghị không lấy hóa đơn để khỏi mất thêm 10% tiền thì họ đồng ý ngay.
Thứ tư, cả hai lĩnh vực xử lý hành chính và xử lý hình sự đều đang gặp không ít khó khăn, đơn cử như xử lý hành chính, cơ quan ra quyết định mà các đối tượng không chấp hành, rồi lại để đó không làm đến nơi đến chốn, điều đó đồng nghĩa vô hiệu hóa các quyết định có tính pháp lý của cơ quan chức năng; còn xử lý hình sự thì lại càng hết sức khó khăn nên Bộ Công an, Bộ Tài chính và hai tổng cục cần ngồi lại với nhau để tháo gỡ, bàn bạc cụ thể.
Thứ năm, công tác xây dựng chương trình kế hoạch phối hợp phòng, chống các hành vi vi phạm chưa thực hiện triệt để, có đơn vị xây dựng kế hoạch nhưng thiếu bám sát, chỉ đạo thực hiện hoặc mới chỉ tập trung đấu tranh chống các hành vi vi phạm mà chưa có giải pháp giải quyết triệt để các trường hợp doanh nghiệp “ma”.