Trong lĩnh vực kinh doanh, dù ở bất cứ ngành nghề nào nếu mang lại lợi nhuận thì sẽ có rủi ro, riêng đối với lĩnh vực ngân hàng mức độ rủi ro đó có thể vượt mức khống chế của ngân hàng, điều này thể hiện ở nợ quá hạn, nợ khoanh. Loại nợ xấu này sẽ đặt ngân hàng vào tình trạng báo động đòi hỏi phải có sự quan tâm đúng mức của cấp lãnh đạo ngân hàng nhằm đưa ra đấu pháp thích hợp cải thiện tình trạng này.
Như đã biết, do đối tượng cho vay của ngân hàng chủ yếu là hộ nghèo, và các đối tượng chính sách khác, hơn nữa lại không phải thế chấp tài sản đảm bảo cho món vay nên chi nhánh ngân hàng phải gánh chịu những khoản nợ xấu (quá hạn, khoanh) tương đối cao. Đa số những khoản nợ xấu này của chi nhánh đã phát sinh từ khi mới thành lập vì đây là những khoản nợ Ngân hàng CSXH nhận bàn giao từ kho bạc nhà nước (cho vay giải quyết việc làm) hay từ Ngân hàng NN&PTNT (cho vay hộ nghèo). Đây là những khoản nợ rất khó thu hồi do phát sinh từ rất lâu (từ những năm 1995, 1996) nên gặp trở ngại trong việc xác định đối tượng vay vốn và đa số đối tượng này có tâm lý là bản thân đã được nhà nước xóa nợ.
Ngân hàng Chính sách xã hội chỉ thành lập hơn bảy năm, nên nợ xấu chỉ xảy ra đối với những chương trình cho vay truyền thống: hộ nghèo (nợ xấu đa số
do ngân hàng NN&PTNT bàn giao), giải quyết việc làm (nợ xấu chủ yếu do kho bạc nhà nước bàn giao).
Tình hình nợ xấu của chương trình cho vay hộ nghèo và cho vay giải quyết việc làm chiếm số lượng chủ yếu trong tổng nợ xấu của toàn chi nhánh. Nợ quá hạn của ngân hàng ngày càng tăng cụ thể như sau: Năm 2010 là 17.092 triệu đồng tăng 534 triệu đồng, tương đương tăng 4,16% so với năm 2009; năm 2011 nợ quá hạn là 40.238 triệu đồng, tăng 23.209 triệu đồng hay tăng 136,29% so với năm 2010. Nguyên nhân như đã phân tích ngân hàng chuyển trạng thái nợ về nợ quá hạn đối với những khoản nợ đã hết thời hạn khoanh được nhận từ Ngân hàng NN&PTNT và kho bạc nhà nước nên có sự gia tăng tỷ lệ nợ xấu.
Đối với những chương trình khác, đều là những chương trình mới triển khai do Ngân hàng CSXH trực tiếp giải ngân, có sự quản lý khá chặt chẽ nên tình trạng nợ xấu chưa có xảy ra.