Để áp dụng thuế GTGT một cách có hiệu quả, ngoài việc tiếp tục hoàn thiện Luật thuế GTGT cần phải không ngừng hoàn thiện cơ chế đảm bảo thực hiện thuế GTGT trên cơ sở đẩy mạnh cải cách hành chính thuế, cải cách hành chính thuế là một tất yếu khách quan, bởi cải cách hành chính là yếu tố, là động lực cơ bản thúc đẩy sự phát triển kinh tế xã hội trong bối cảnh kinh tế hội nhập quốc tế, là công cuộc đổi mới sâu sắc và toàn diện để xây dựng nhà nước pháp quyền XHCN.
Thứ nhất, cải cách thể chế hành chính thuế: trong cải cách thể chế hành chính thuế bao gồm cải cách thể chế pháp luật và cải cách thủ tục hành chính thuế. Cải cách thể chế pháp luật là cải cách việc xây dựng, ban hành các văn bản pháp quy về thuế của Chính phủ, của Bộ tài chính. Cụ thể: đổi mới quy trình xây dựng văn bản pháp quy, mở rộng việc tổ chức nghiên cứu soạn thảo các văn bản pháp quy bằng các nhóm chuyên gia liên ngành, nghiêm chỉnh thực hiện các quy định chinh của luật ban hành các văn bản quy phạm pháp luật. Cải cách thủ tục hành chính thuế là cải cách thủ tục thực hiện thẩm quyền trong hoạt động hành chính thuế. Hay nói cách khác, là cải cách trình tự thực hiện mọi hình thức hoạt động của cơ quan thuế bao gồm trình tự thành lập các cơ quan thuế, trình tự bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động cán bộ thuế, trình tự lập quy, áp dụng quy phạm để đảm bảo các quyền chủ thể và xử lý vi phạm, trình tự hoạt động tổ chức, tác nghiệp hành chính.
Thứ hai, cải cách bộ máy hành chính thuế gồm:
- Cải cách mô hình tổ chức bộ máy hành chính thuế
- Cải cách sự phân cấp quản lý giữa các cơ quan thuế và sự phân công trong nội bộ từng cơ quan thuế.
- Cải tiến phương thức chỉ đạo, hoạt động, điều hành của tổng cục thuế, cục thuế, chi cục thuế để nâng cao chất lượng hoạt động đáp ứng những biến động cảu cơ chế thị trường và quá trình hội nhập quốc tế có nhiều thách thức.
Thứ ba, xây dựng, kiện toàn đội ngũ cán bộ công chức thuế, trong cải cách hành chính thuế, nếu cải cách thủ tục hành chính thuế là khâu đột phá thì trọng tâm lại là vấn đề kiện
toàn đội ngũ cán bộ công chức thuế. Bởi vì rằng có thể xây dựng được một hệ thống thể chế tốt về thuế và thiết kế được mô hình tổ chức bộ máy hành chính thuế tối ưu nhưnng nếu không có đội ngũ cán bộ công chức thành thạo chuyên môn, nghiệp vu, tâm huyết với công việc để đáp ứng yêu cầu hiện đại hoá nền hành chính thì mọi ý đồ cải cách hành chính thuế cũng không thể trở thành hiện thực được.
Thứ tư, cải cách chế độ tiền lương, sửa đổi, bổ sung hoàn thiện các chế độ chính sách đối với cán bộ công chức thuế nhằm khuyến khích, động viên nâng cao chất lượng thực thi công việc hành thu.