Trước hết, sự phát triển của công nghệ mạng sẽ làm tăng nhanh chóng sự nhất thể hoá các chức năng kinh doanh của một doanh nghiệp. Vấn đề mạng nội bộ đã trở thành phương tiện không thể thiếu ở các công ty đa quốc gia trong thời đại này. Do đó mạng nội bộ mà các nghiệp vụ kinh doanh được nội bộ hoá ở mức cao. Việc này đồng nghĩa với những khó khăn trong việc xác định chức năng kinh doanh vì vậy vấn đề này đặt ra những thách thức mới đối với cơ quan thuế cũng như các nhà làm luật trong việc xác định cơ chế điều tiết thích hợp đối với thuế GTGT.
Sự khai thác lợi thế về những ưu đãi thuế giữa các quốc gia sẽ làm gay gắt thêm cuộc cạnh tranh về thuế giữa các quốc gia và đây cũng là vấn đề cần phải tính khi hoàn thiện pháp luật thuế GTGT cũng như cơ chế đảm bảo thực hiện.
Toàn cầu hoá với sự trợ giúp của công nghệ thông tin truyền số liệu sẽ làm tăng các hoạt động đầu tư gián tiếp, các giao dịch ngoại hối và đặc biệt giao dịch thông qua các phương tiện tài chính phát sinh như các hợp đồng tương lai, quyền lựa chọn mua bán hoặc chuyển nhượng...Trong thể chế những giao dịch này không chịu thuế GTGT vì vậy khi hoàn thiện pháp luật thuế GTGT nên quy định đánh thuế hay không các quy định này và nếu đánh thì đánh thế nào? Quản lý ra sao? Sự ra đời và phát triển nhanh chóng thương mại điện tử đã đặt ra cho các nhà lập pháp cũng như các nhà quản lý thuế một bài toán hóc búa trong việc kiểm thoát các giao dịch thương mại cũng như sự phân biệt giữa các giao dịch thương mại và giao dịch có thể đánh thuế và những giao dịch phi thương mại. Nếu không giải quyết được những
vấn đề này thì cơ hội tránh thuế và trốn thuế càng lớn. Như vậy, sự tiến bộ của khoa học và công nghệ thông tin đã và đang đặt ra những thách thức lớn cho công tác quản lý nhưng chính nó tạo điều kiện để cung cấp những phương tiện hữu ích cho tiến trình áp dụng luật thuế GTGT ở nước ta hiện nay.
Xuất phát từ những vấn đề đặt ra từ thực trạng điều chỉnh pháp luật thuế GTGT và những yêu cầu hoàn thiện thuế GTGT việc hoàn thiện pháp luật thuế GTGT ở nước ta là một tất yếu. Thực tế cho thấy, sau hơn 9 năm triển khai áp dụng Luật thuế GTGT những cái có được quá ít so với yêu cầu, tình trạng vi phạm pháp luật để trốn nghĩa vụ này còn quá nhiều. Bởi vậy thực tế đã chứng minh không một sắc thuế nào hoàn toàn có ưu điểm mà không có nhược điểm và ngược lại. Vấn đề là ở chỗ phải tìm kiếm được những giải pháp tạo điều kiện cho sự vận hành “trơn tru” của thuế GTGT trong điều kiện thực tế của Việt Nam. Vì vậy việc sửa đổi bổ sung luật thuế GTGT hiện nay được coi là một bước đệm để trong tương lai không xa sẽ cho ra đời một Luật thuế GTGT hiện đại.