Trong giai đoạn này, nhìn chung, đầu t cho nông nghiệp còn thiếu đồng bộ, cha tập trung, còn dàn trải, hiệu quả đầu t cha cao, chiến lợc phát triển nông nghiệp nông thôn cha rõ ràng dẫn đến nguy cơ đầu t trệch hớng, đầu t ồ ạt. Một số ngành phục vụ nông nghiệp mà không tính đến hiệu quả kinh tế, không tính tính toán, cân đối giữa các vùng nguyên liệu với việc xây dựng nhà mấy chế biến nông sản. Nhiều nhà máy chế biến nông sản đầu t bằng vốn vay cha kịp sản xuất đã phải trả nợ, gây thiệt hại cho nền kinh tế, nhiều tiềm năng trong nông nghiệp cha đợc khai thác và sử dụng có hiệu quả.
Mặc dù ngân sách nhà nớc đầu t cho nông nghiệp tăng đáng kể so với vốn hàng trăm tỷ đồng/năm, nhng cũng chỉ đáp ứng một phần nhu cầu vốn cần có để đầu t xây dựng cơ sở hạ tầng cho nông nghiệp từ nay đến năm 2010.
Trong giai đoạn này chúng ta đã chuyển từ đầu t tập trung cho khu vực quốc doanh sang đầu t xây dựng cơ sở hạ tầng nông nghiệp, đa tiến bộ khoa học kỹ thuật vào nông nghiệp và phát triển thuỷ lợi là chính. Trong số 2882,4 tỷ đồng tổng số vốn đầu t cho xây dựng cơ bản trong nông nghiệp năm 1996 có 1737 tỷ đồng cho thuỷ lợi (60%), 429 tỷ đồng cho trồng trọt (15%), trong đó trang trạng phục vụ trồng trọt 143,6 tỷ đồng, chăn nuôi 213 tỷ đồng (17,4%). Đến năm 1998 với 1783,56 triệu đồng vốn cấp của ngân sách nhà nớc thì vốn dành cho thuỷ lợi là: 1493 tỷ đồng (83,7%), trồng trọt 60,7 tỷ đồng (3,4%), lâm nghiệp 133,6 tỷ đồng (7,5%), đầu t khác 87,76 tỷ đồng (4,9%) vốn đầu t đa khoa học kỹ thuật vào sản xuất tăng lên 147,6 tỷ đồng năm 1996 và hơn 200 tỷ đồng năm 1997 đã là điều kiện để mở rộng diện tích giống lúa mới, năng suất cao trong trồng trọt và trong chăn nuôi.
Vốn đầu t từ nớc ngoài cho nông nghiệp còn thấp và không hiệu quả, đến nay vốn đầu t cho nông nghiệp còn quá ít về số lợng dự án và cả lợng vốn. Điều này cho thấy lợng bổ xung vốn cho nông nghiệp còn hạn chế. Nh vậy, so với yêu cầu tăng trởng và vị trí của mỗi ngành trong trong nền kinh tế quốc dân thì chính
sách đầu t cho nông nghiệp là cha thoả đáng, cha hợp lý. Vì thế mà theo quyết định số 67/1999/QĐ-TTg quy định : hộ nghèo đợc ngân hàng phục vụ ngời nghèo dành phần cho vay hợp lý. Việc huy động vốn của ngân hàng đợc phép thực hiện d- ới nhiều hình thức, trong đó chính phủ cho phát hành trái phiếu phục vụ chơng trình phát triển nông nghiệp -nông thôn. Quyết định đã cụ nhiều quy chế về bảo quản tiền vay, thời hạn cho vay cũng đợc xác định theo chu kỳ sinh trởng của cây trồng, vật nuôi, thời gian luân chuyển vật t, hàng hoá và khấu hao máy móc thiết bị.
Mặt khác, nhà nớc còn khuyến khích mở rộng mạng lới tín dụng xuống tận các cở sở và còn quy định cụ thể về xử lý rủi ro tín dụng. Điều này giúp các tổ chức tín dụng yên tâm cho vay theo quy chế mới và khuyến khích nông dân vay đầu t phát triển sản xuất nông nghiệp.