mặc dù đã được ban hành khá đầy đủ, nhưng có nhiều vấn đề chưa được hướng dẫn kịp thời, hoặc tuy có hướng dẫn nhưng lại hướng dẫn đơn ngành, dẫn đến việc nhận thức và áp dụng không thống nhất giữa các cơ quan tiến hành tố tụng. Ví dụ, trong thực tiễn cơng tác kiểm sát việc khởi tố vụ án hình sự, VKS hầu như chỉ thực hiện chức năng kiểm sát quyết định khởi tố vụ án hình sự của CQĐT, cịn quyết định khơng khởi tố vụ án hình sự gần như không kiểm sát được vì khơng có cơ sở pháp lý, vì CQĐT xuất phát từ nhận thức cho rằng chỉ khi ra quyết định khởi tố vụ án hình sự thì CQĐT mới phải gửi quyết định đó cho VKS theo như quy định tại Khoản 3 Điều 87 BLTTHS "trong thời hạn 24 giờ quyết định khởi tố vụ án hình sự của CQĐT,... được gửi đến VKS để kiểm sát việc khởi tố".
Bên cạnh đó, hiện nay việc hướng dẫn vấn đề xác định giá trị tài sản bị xâm hại trong các tội xâm phạm sở hữu để làm căn cứ truy cứu trách nhiệm hình sự đặt ra nhiều vấn đề khó khăn và bất cập trong thực tiễn áp dụng. Ví dụ: hiện nay khi định giá một số tài sản bị chiếm đoạt nhưng là những tài sản đã qua sử dụng như xe máy, xe đạp, đồng hồ...trong trường hợp không thu được số tài sản đã bị chiếm đoạt thì cơ quan tiến hành tố tụng thường chỉ căn cứ vào lời khai của bị hại hoặc người liên quan khác biết về tài sản
đó rồi đối chiếu với giá thị trường tại thời điểm người bị hại mất tài sản mà định giá tài sản làm cơ sở cho việc truy cứu trách nhiệm hình sự, việc định giá này theo chúng tơi là thiếu tính khách quan vì nếu căn cứ vào lời khai của bị hại thì tài sản thường được định giá cao lên so với giá thực tế trên thị trường với mục đích được đền bù thoả đáng, do vậy để lấy một mức giá chính xác làm căn cứ khởi tố là rất khó, nhất là những tài sản có giá trị chênh lệch không đáng kể so với mức giá trị được quy đổi thành tiền ở cấu thành cơ bản trong các tội xâm phạm sở hữu được quy định tại BLHS 1999. Trong trường hợp CQĐT thu hồi được các tài sản bị xâm hại, việc định giá tài sản trong trường hợp này phải trưng cầu cơ quan chuyên môn tham gia định giá tài sản (cơ quan tài chính), nhưng việc định giá trong nhiều trường hợp khơng chính xác vì giá thị trường thường có sự biến động lên xuống khác nhau, trong khi đó hành vi phạm tội thường được thực hiện trước khi bị phát hiện một khoảng thời gian dài và nếu khoảng thời gian này càng dài thì càng khó khăn cho việc xác định phần chất lượng còn lại và lại phải định giá theo giá thị trường tại thời điểm tài sản bị mất, hơn nữa việc định giá theo kiểu này còn phát sinh những tiêu cực như thông đồng định giá tài sản phạm pháp thấp hơn số tiền được quy định ở cấu thành tội phạm để chạy tội cho người phạm tội hoặc cố tình nâng giá tài sản lên cao để đưa người bị bắt vào vòng tố tụng nhằm biện bạch cho những việc làm đã rồi, như đã khởi tố bị can, áp dụng biện pháp ngăn chặn tạm giữ, tạm giam.