Kết quả giải trình tự được các trình tự rất đẹp. Sau khi so sánh, cắt bỏ đoạn mồi, các trình tự cox1 của tất cả các mẫu đều có độ dài là 396 bp.
Hình 3.13. Cây phả hệ được xây dựng từ trình tự cox1 bằng phương pháp Maximum Likelihood
* Ghi chú: Các trình tự tải từ ngân hàng gen gồm mã số truy cập, tên loài, tên nước viết tắt theo mã số 3 chữ cái (Senegal: SEN; Ethiopia: ETH; Trung Quốc: CHN; Việt Nam: VNM; Tây Ban Nha: ESP). Các trình tự thu được trong nghiên cứu này được in đậm. Độ tin cậy được đặt ở gốc mỗi nhánh.
M
Trình tự cox1 của sán dây M. benedeni từ bò 100% tương đồng với nhau, trong khi có sự khác biệt nhỏ (0,0 - 0,4%) giữa các trình tự cox1 của sán dây M.
expansa từ dê. Cây phả hệ (hình 3.13) từ bộ dữ liệu trình tự gen cox1 cho thấy các
mẫu M. expansa từ dê của Việt Nam được nhóm cùng với các mẫu của lồi này từ Ethiopia và Senegal và 2 trình tự (MG099720, MG099722) của Trung Quốc. Khoảng cách di truyền giữa các mẫu trong loài M. expansa từ 0,3 - 7,2%. Đối với loài M. benedeni, khoảng cách di truyền giữa các mẫu của Việt Nam và giữa các mẫu của Senegal tương đối thấp (0,0 - 0,6%), trái lại khoảng cách di truyền giữa các quần thể của Việt Nam, Senegal và một trình tự (KX121040) từ Trung Quốc tương đối cao (10,0 - 15,9%). Chúng làm thành các nhóm tách biệt rõ ràng trên cây phả hệ (hình 3.13).
* Phân tích trình tự ITS2
Sau khi chạy PCR, sản phẩm được điện di, kết quả cho thấy sản phẩm điện di với các băng vạch rất rõ, khoảng 800 bp (hình 3.14)
746 - 748 bp