Cải cách mô hình tổ chức toà án để giải quyết các tranh chấp phát sinh trong đó có các KKHC là một nội dung quan trọng trong chiến lược cải cách tư pháp của Đảng và Nhà nước ta. Tại Nghị quyết số 49-NQ/TW ngày 02/6/2005 về Chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020, Bộ chính trị trung ương Đảng cộng sản Việt Nam đã chỉ ra một số phương hướng sau:
Sẽ mở rộng thẩm quyền xét xử cuả Tòa án đối với các KKHC. Đổi mới mạnh mẽ thủ tục tố tụng hành chính; tạo điều kiện thuận lợi cho người dân tham gia tố tụng, bảo đảm sự bình đẳng giữa công dân và cơ quan công quyền trước Tòa án.
Xây dựng cơ chế bảo đảm mọi bản án cuả Tòa án có hiệu lực pháp luật phải được thi hành, các cơ quan hành chính vi phạm bị xử lý theo phán quyết cuả Tòa án phải nghiêm chỉnh chấp hành .
Tổ chức Tòa án theo thẩm quyền xét xử, không phụ thuộc vào đơn vị hành chính. Việc thành lập Toà chuyên trách phải căn cứ vào thực tế xét xử cuả từng cấp Tòa án, từng khu vực…
Theo nguyên tắc Đảng lãnh đạo thì phương hướng cải cách tư pháp được xác định trong Nghị quyết số 49-NQ/TW là căn cứ quan trọng hàng đầu để
nghiên cứu và tìm ra các giải pháp nhằm hòan thiện mô hình tổ chức và hoạt động TPHC ở nước ta. Dưới góc độ phát triển, đổi mới mô hình tổ chức TPHC là xu hướng, là đòi hỏi tất yếu của một xã hội dân chủ, một nhà nước văn minh nhưng đổi mới không đơn giản là tổ chức một mô hình TPHC khác mà đổi mới cần phải được hiểu cả về nghĩa rộng lẫn nghĩa hẹp, cả về hình thức lẫn nội dung, cả về số lượng và chất lượng. Đổi mới không có nghiã là bỏ cũ thay mới mà đổi mới phải được thực hiện trên
cơ sở kế thừa có chọn lọc các yếu tố còn phù hợp của mô hình cũ. Đổi mới phải bảo đảm các nguyên tắc tổ chức và hoạt động chủ yếu cuả tài phán hành chính ở nước ta, đặc biệt là nguyên tắc độc lập xét xử, nguyên tắc tiết kiệm, hiệu quả; phát huy được vai trò cuả tài phán hành chính đối với nền hành chính quốc gia trong điều kiện xây dựng nhà nước pháp quyền, cải cách hành chính, cải cách tư pháp và hội nhập quốc tế. Bởi lẽ, các nguyên tắc trên là các nguyên tắc cơ bản điều chỉnh tổ chức và họat động của TPHC ở nước ta. Tùy theo quan điểm về TPHC cũng như các điều kiện chính trị, kinh tế, xã hội cụ thể các quốc gia trên thế giới đã hợp. Mỗi một hình thức tài phán ( thuộc chính phủ, thuộc Tòa án tư pháp hoặc độc lập) đều chứa đựng trong nó những yếu tố tích cực cùng các hạn chế. Đổi mới mô hình TPHC phải đứng trên quan điểm khai thác triệt để ưu điểm cuả các mô hình TPHC của các quốc gia trên thế giới. Đặc biệt là các ưu điểm về mô hình tổ chức cuả các nước phát triển (Mỹ, Pháp, Đức…) và các nước có các điều kiện chính trị, kinh tế, văn hoá tương đối tương đồng với chúng ta (Trung quốc, Thái Lan….). Do vậy đổi mới mô hình TPHC ở nước ta phải khắc phục được hoặc hạn chế đến mức thấp nhất các nhược điểm đã gặp cuả mô hình TPHC hiện hành.