Từ Đại hội VI (1986), Đảng ta đã cĩ chủ trương đổi mới doanh nghiệp nhà nước một cách mạnh mẽ. Quyết định 217, năm 1987 của Chính phủ đã trao quyền tự chủ một cách tương đối tồn diện cho doanh nghiệp nhà nước, như tự chủ trong tuyển dụng lao động, tiêu thụ sản phẩm, xây dựng kế hoạch sản xuất, kinh doanh...
Tiếp đĩ, các Đại hội VII, VIII và đặc biệt là đến Đại hội IX của Đảng, một lần nữa Đảng ta khẳng định tính nhất quán trong định hướng phát triển kinh tế nhiều thành phần, lấy kinh tế nhà nước làm chủ đạo, trong đĩ doanh nghiệp nhà nước giữ những vị trí then chốt; đi đầu trong ứng dụng tiến bộ khoa học và cơng nghệ; nêu gương về năng suất, chất lượng, hiệu quả kinh tế - xã hội và chấp hành pháp luật.
Một trong những nội dung lớn của quá trình tổ chức, sắp xếp lại các doanh nghiệp nhà nước thời gian qua là để chúng ngày càng mạnh hơn, khắc phục tình trạng nhiều về số lượng, nhưng quy mơ nhỏ, vốn ít, kỹ thuật lạc hậu. Nhà nước chỉ tập trung vào những lĩnh vực then chốt của nền kinh tế, lĩnh vực an ninh - quốc phịng, những vùng, lĩnh vực mà dân doanh chưa thể hoặc khơng thể làm được. Cụ thể là:
- Tập trung chỉ đạo kiểm kê, phân loại doanh nghiệp nhà nước trong phạm vi cả nước, cơng việc này mãi tới năm 2002 mới cơ bản được hồn thành. Tuy chưa phản ánh hết mọi vấn đề của doanh nghiệp nhà nước và sự kết nối một cách tổng thể giữa ngành và lãnh thổ, song 104 đề án của tất cả các bộ, ngành, địa phương, tổng cơng ty "91" cũng đã cho thấy được bức tranh tồn cảnh, thấy rõ "thực binh", "thực cán" của đội hình doanh nghiệp nhà nước khi đất nước bước sang thế kỷ XXI. Từ đĩ căn cứ theo tinh thần Nghị quyết Trung ương ba (khĩa IX) của Ban Chấp hành Trung ương Đảng và Quyết định 58/TTg, nay được bổ sung bằng Quyết định 155/TTg trong việc phân loại doanh nghiệp nhà nước, xác định rõ những doanh nghiệp nào cần giữ 100% vốn hoặc chuyển đổi sở hữu.
Đến cuối năm 2002, sau 10 năm sắp xếp doanh nghiệp nhà nước, cịn lại là 4.296 doanh nghiệp (năm 2000 cĩ 5.655 doanh nghiệp). Năm 2004 là năm sắp xếp lại doanh nghiệp nhà nước đạt mức cao nhất, thực hiện được gần 1.000 doanh nghiệp. Và như vậy, đến ngày 31-12-2004 cả nước cịn gần 3.300 doanh nghiệp, trong đĩ cĩ 200 nơng - lâm trường thuộc các tỉnh. Đáng lưu ý nhất là từ khi triển khai Nghị quyết số 05-NQ/TW của Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương lần thứ ba (khĩa IX) ngày 24-9-2001, chỉ trong 3 năm (2002 - 2004) cả nước đã sắp xếp được 2.412 doanh nghiệp (năm 2002: 472, năm 2003: 942, năm 2004: 998 doanh nghiệp). Điều đĩ chứng tỏ, càng cĩ sự chỉ đạo sát sao của Đảng và Chính phủ, số lượng các doanh nghiệp nhà nước được sắp xếp đạt được càng cao.
- Từ kết quả phân loại, các ngành và địa phương đã áp dụng những biện pháp thích hợp trong sắp xếp doanh nghiệp nhà nước theo tinh thần Nghị quyết Trung ương ba (khĩa IX), tổng hợp lại như sau:
+ Sáp nhập, hợp nhất các doanh nghiệp nhà nước để khai thác thế mạnh, khắc phục cái yếu của nhau. 4 năm qua Chính phủ đã chỉ đạo triển khai sáp
nhập, hợp nhất khơng chỉ cơng ty với nhau hoặc cơng ty trở thành thành viên của tổng cơng ty (đã tổ chức theo cách này được 401 doanh nghiệp, trong đĩ sáp nhập 303 doanh nghiệp), mà cịn cả với những tổng cơng ty lớn (được 8 tổng cơng ty). Tuy nhiên, vẫn cịn tình trạng một số doanh nghiệp thua lỗ kéo dài, đáng ra phải giải thể, một số doanh nghiệp cần phải thực hiện cổ phần hĩa... cũng đã cĩ nơi này, nơi kia tìm cách để được "nhập" vào tổng cơng ty. Nếu nhập vào để tiếp tục tiến hành cổ phần hĩa là một cách làm tích cực, cịn vẫn "ở lại" doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước là khơng tích cực. Thực tế số này cĩ nhưng khơng nhiều, Chính phủ cũng đã phát hiện sớm và ngăn chặn được kịp thời.