Tuỳ theo quy mô kinh doanh và các nghiệp vụ mà công ty được cấp phép hoạt động, cơ cấu tổ chức của cơng ty chứng khốn sẽ được tổ chức cho phù hợp. Nghiệp vụ trọng tâm của các cơng ty chứng khốn hiện nay là mơi giới, tự doanh chứng khốn vì việc mua bán cổ phiếu, trái phiếu là hoạt động trung tâm của các công ty chứng khoán .
Cơ quan quyền lực cao nhất của cơng ty chứng khốn là Hội đồng quản trị. Hội đồng quản trị bổ nhiệm ban giám đốc và giám đốc điều hành công ty. Giúp việc cho hội đồng quản trị có ban kiểm sốt với nhiệm vụ theo dõi và kiểm sốt mọi giao dịch do phịng giao dịch thực hiện, bảo đảm thực hiện đúng các định mức giới hạn do UBCKNN và do hội đồng quản trị đặt ra về số lượng quy mô giao dịch cho mỗi khách hàng ...Chế độ báo cáo nội bộ cơng ty,
cơ chế kiểm sốt nội bộ cũng như thẩm quyền về kinh doanh chứng khoán của các nhân viên được quy định rõ ràng và tuân thủ chặt chẽ.
Cơ cấu phịng ban của các cơng ty kinh doanh chứng khốn hiện nay nhìn chung gọn nhẹ, bao gồm các phòng chủ yếu sau:
2.4.1. Phòng giao dịch (Phòng kinh doanh):
Thực hiện các giao dịch tại Sở giao dịch. Thơng thường phịng giao dịch gồm 3 bộ phận:
- Bộ phận môi giới cho khách hàng. - Bộ phận giao dịch cho bản thân công ty.
- Bộ phận nghiên cứu và phân tích chứng khốn.
Chức năng chính của phịng giao dịch là nhận và thực hiện các giao dịch tại Sở, các lệnh của các cá nhân kinh doanh chứng khoán hoặc các đại lý do phịng Marketing chuyển đến; thơng báo về việc giao dịch đã thực hiện xong cho người đặt lệnh và cuối cùng chuyển các tờ lệnh cho phịng Tài chính- kế tốn để soạn các văn bản hợp đồng tương ứng và đưa dữ liệu sang bộ phận lưu trữ.
Bộ phận nghiên cứu và phân tích chứng khốn cung cấp cho các bộ phận của cơng ty, khách hàng các báo cáo về kinh tế và về tình hình hoạt động của các cơng ty được niêm yết, tình hình thị trường và động thái giá chứng khốn...
2.4.2. Phịng Tài chính- Kế tốn:
Được chia thành hai bộ phận chủ yếu:
Bộ phận Kế tốn: Có nhiệm vụ xử lý hợp đồng và các tài liệu giao dịch; thực hiện việc soạn thảo, in ấn, gửi cho khách hàng, nhận lại từ khách hàng và lưu trữ các bản hợp đồng và các chứng từ, tờ lệnh, các tài liệu giao dịch khách với khách hàng.
Bộ phận Tài chính: Quản lý hoạt động tài chính của công ty thông qua tài
hàng vay tiền để thực hiện đầu tư vào chứng khoán, bảo đảm việc tuân thủ tỷ lệ vốn cho vay trên tổng giá trị chứng khoán thế chấp. Bộ phận này thường thỏa thuận với các ngân hàng để vay tiền ngân hàng, cho khách hàng vay và ký kết các văn bản thoả thuận thế chấp có liên quan.
Trong tương lai, khi UBCKNN ban hành các văn bản pháp luật cho phép thực hiện các giao dịch bán khống, giao dịch kỹ quỹ thì bộ phận tài chính sẽ có thêm nhiệm vụ thực hiện cho khách hàng vay tiền, chứng khoán hoặc làm trung gian dàn xếp giữa các khách hàng cho vay chứng khoán và khách hàng đi vay chứng khốn.
2.4.3. Phịng Marketing:
Chức năng chủ yếu là quan hệ với khách hàng của công ty, nhận lệnh từ khách hàng sau đó chuyển qua phịng giao dịch để thực hiện, nghiên cứu phát triển thị trường.
2.4.4. Phịng quản trị hành chính-tổng hợp: Có nhiệm vụ:
+ Duy trì cơ sở kinh doanh, văn phịng làm việc, trang thiết bị và đồ dùng văn phịng nói chung, cung cấp văn phịng phẩm, duy trì điện nước, nhà ăn..
+ Tổ chức gặp gỡ, làm việc với các cơ quan hữu quan, các tổ chức quốc tế, các tổ chức kinh doanh khác.
+ Ký kết và quản lý các hợp đồng tuyển dụng lao động, quản lý nhân sự...
2.4.5. Phòng đăng ký, lưu ký và lưu trữ thông tin:
Thực hiện các công việc liên quan đến lưu ký, đăng ký chứng khoán và lưu trữ thơng tin về giao dịch chứng khốn, về tài khoản của khách hàng....
Trong trường hợp công ty chứng khoán được UBCKNN cấp phép hoạt động quản lý tài sản khách hàng, quản lý danh mục đầu tư, cơng ty chứng khốn có thể thành lập phịng quản lý tài sản.
Đối với các công ty chứng khốn nhỏ, cơ cấu phịng ban có gọn nhẹ hơn chỉ gồm một số phòng: Phòng giao dịch, phòng kế tốn-hành chính tổng hợp, phịng lưu ký. Khi thị trường phát triển họ sẽ mở rộng các phịng theo hình thức chuyên sâu đối với từng chức năng cụ thể.