a. Làm thay đổi cấu trúc đất, làm giảm độ phì nhiêu của đất, huỷ hoại hệ thống vi sinh vật đất
Sinh vật ngoại lai phát triển ở hệ sinh thái mới không những gây nên sự thay đổi đối với các sinh vật trên mặt đất mà với sự thay đổi này, chúng đã gián tiếp làm thay đổi cấu chúc cũng như chất lượng đất. Mỗi lồi bản địa thường có khu hệ vi sinh vật đất riêng quanh rễ, sự biến mất của chúng kéo theo sự biến mất khu hệ vi sinh vật, đó là cịn chưa kể đến tác động của các lồi vi sinh vật đất ngoại lai.
b. Nguy cơ làm ô nhiễm môi trường đất, nước
Nguy cơ từ việc sử dụng thuốc hóa học: Cho tới nay tác hại của một số loài ngoại lai đã gây ảnh hưởng lớn tới kinh tế và đời sống của con người, do vậy người dân đã sử dụng một số thuốc hóa học để diệt trừ chúng. Tại Vĩnh Phúc các hóa chất dùng để tiêu diệt lồi ngoại lai chủ yếu là thuốc diệt cỏ và hóa chất để tiêu diệt ốc bươu vàng như: Mossade 700WP, Deadline Bullets 4%, Tomahawk 4G. Các loại thuốc này nếu sử dụng đúng liều lượng không gây tác động nhiều lắm tới môi trường, nhưng trên thực tế khảo sát, người dân thường phun tăng lên so với liều lượng chỉ định, đặc biệt thuốc diệt ốc bươu vàng thường được phun với liều tăng gấp 2, 3 lần bình thường. Đây là bằng chứng cho thấy nếu sinh vật ngoại lai phát triển mạnh hơn nữa và biện pháp hóa học được khuyến khích thì nguy cơ gây ô nhiểm mơi trường sẽ cịn cao hơn nhiều.