Công việc đầu tiên trong chu trình quản lý NSNN là lập dự toán ngân sách, đó là việc lập kế hoạch các khoản thu – chi của ngân sách trong một năm ngân sách. Nó cung cấp thông tin cần thiết cho việc điều hành ngân sách chung của Thành phố, hoạch định các chính sách tài chính ngắn và dài hạn, đồng thời tạo cơ sở cho việc đề xuất, điều chỉnh các chính sách chế độ tài chính hiện hành.
Xây dựng dự toán thu chi tài chính của GDPT phải dựa trên kế hoạch phát triển giáo dục theo chủ trương, đường lối của Đảng, Nhà nước, và Thành phố đối với sự nghiệp GDPT.
Căn cứ vào tình hình thực tế của từng cấp, từng trường; căn cứ vào như cầu về ngân sách của từng đơn vị giáo dục; căn cứ vào định mức chi , quy chế chi tiêu, dự toán các năm trước đó… để các trường lập dự toán theo Mục lục ngân sách gửi các cơ quan tài chính quản lý trực tiếp.
• Cuối quý III năm báo cáo, Sở Tài chính Hà Nội hướng dẫn phòng Tài chính và phòng Giáo dục các quận, huyện lập kế hoạch chi cho đơn vị mình. Các trường có trách nhiệm lập dự toán chi của đơn vị và gửi lên cơ quan tài chính cấp trên. Tại đây phòng Tài chính các quận, huyện sẽ tổng hợp và gửi lên UBND quận, huyện để trình HĐND quận, huyện phê duyệt, đồng thời gửi Sở GD - ĐT, Sở tài chính Hà Nội. Đối với các trường THPT do Sở quản lý thì gửi trực tiếp dự toán lên Sở Tài chính.
• Sở Tài chính Hà Nội có trách nhiệm phối hợp với Sở GD - ĐT, Sở Kế hoạch đầu tư Hà Nội xem xét dự toán và trình UBND Thành phố thông qua.
• Hàng năm căn cứ vào chỉ tiêu các chương trình mục tiêu Nhà nước giao, các Sở ngành có liên quan tiến hành lập dự toán chi đến từng đơn vị và trình HĐND, UBND Thành phố xem xét, phê duyệt.
HĐND Thành phố xem xét, và đưa ra quyết định phê duyệt dự toán ngân sách chi cho từng đơn vị giáo dục, đồng thời đưa ra phương án phân bổ dự toán từ ngân sách cấp trên cho ngân sách cấp dưới.
Dự toán chi ngân sách cho sự nghiệp GDPT được phân bổ cụ thể như sau:
• Chi thường xuyên: giao cho các đơn vị giáo dục phân bổ theo bốn nhóm: thanh toán cá nhân, nghiệp vụ chuyên môn, mua sắm sửa chữa và các loại khác.