Tổ chức bộ máy quản lý theo chức năng là việc xây dựng bộ máy trong đó cơ cấu bao gồm các bộ phận (phòng , ban, tổ), môĩi bộ phận thực hiện một chức năng quản lý thuế cơ bản đối với hầu hết các loại thuế và đối với tất cả đối tượng nộp thuế theo thẩm quyền được phân công. Các chức năng quản lý thuế cơ bản gồm:
- Tuyên truyền và hhỗ trợ đối tượng nộp thuế. - Xử lý tờ khai.
- Quản lý nợ và cưỡng chế thuế. - Thanh tra, kiểm tra thuế.
Ngoài các bộ phân thực hiện các chức năng quản lý thuế cơ bản, cơ cấu tổ chức còn gồm một số bộ phận thực hiện việc quản lý mộy số sắc thuế đặc thù hoặc thực hiện các chực năng khác phục vụ cho quản lý thuế như: Quản lý thuế thu nhập cá nhân, chức năng pháp chế chính sách, quản lý cán bộ, dự toán thu thuế quản lý ấn chỉ, tài vụ , quản trị… trong bộ phận thực hiện quản lý một hoặc một số loại sắc thuế đặc thù cũng thực hiện quản lý sắc thuế đó theo 4 chức năng cơ bản nêu trên.
Tổ chức quản lý theo chức năng là mô hình đang được áp dụng rộng rãi tại các nước có nền kinh tế phát triển. Đây là 1 mô hình được đánh giá có nhiều ưu điểm nhất. Năm 2004, thực hiện quyết định của thủ tướng
khai, tự tính thuế “, ngành thuế đã triển khai áp dụng tại 2 cục thuế: Thành phố Hồ Chí Minh và Quảng Ninh, năm 2005 mở rộng them 3 cục thuế: Hà Nội, Bà Rịa- Vũng Tàu và Đồng Nai. Thực chất của việc thực hiện cơ chế này là thực hiện quản lý thuế theo mô hình chức năng là cơ bản. Theo kinh nghiệm của các nước và qua hơn 1 năm thí điểm đã khẳng định được cải cách tổ chức bộ máy quản lý thuế theo mô hình chức năng là phù hợp và ưu việt đối với công tác quản lý thuế của Việt Nam hiện nay. Cụ thể: