Trong cộng đồng dân cư làng - xã, thôn - xóm - ấp ở Hội An, tùy vào quy mô điều kiện lịch sử hình thành, phát triển và nghề nghiệp của mỗi địa phương mà có những thiết chế văn hóa thờ cúng khác nhau, quy mô lớn nhỏ, ít nhiều khác nhau. Nhìn chung một hệ thống thiiết chế văn hóa thờ cúng thần linh, tổ tiên, phật, thánh…theo tín ngưỡng dân gian trong cộng đồng cư dân ở Hội an gồm các thiết chế sau:
*Các thiết chế tín ngưỡng trong phạm vi làng xã: có 4 thiết chế thờ tự chung cơ bản theo tín ngưỡng dân gian, đó là:
- Đình: là nơi sinh hoạt cộng đồng, nơi giải quyết mọi việc trong làng, nơi các bô lão chức sắc bàn công việc cũng là nơi thờ các vị thần chủ như Thổ thần và Thủy thần. Các vị thổ thần, thủy thần này được nhà nước phong kiến
sắc phong cho thờ tự, xếp hạng từ hạ đẳng thần, trung đẳng, đến thượng đẳng thần.
- Nhà thờ tiền hiền – hậu hiền/từ đường của các làng: thần vị được thờ ở đây là các vị tiền hiền sang lập ra làng xã và các vị hậu hiền kế tục khai phá mở mang đất đai. Tùy theo thứ tự trước sau đến lập cư tại làng và công trạng của từng vị mà dân làng suy tôn làm tiền hiền hay hậu hiền của làng thì đều được thờ cúng tại từ đường chung của làng xã này.
- Miếu âm linh, miếu âm hồn: Theo tín ngưỡng dân gian, trên mảnh đấts inh sống của mỗi làng đều có vong linh phiêu dạt, những người không có con cháu thờ tự, các chiến sĩ tử trận, các nạn nhân bị ôn dịch, bệnh tật…chết vất vưởng, tha hương, những người xiêu mồ lạc mả, không nơi nương tựa…gọi là cô hồn, nên phải lập thờ tự gọi là miếu âm hồn hay âm linh.
- Chùa làng: khác với các ngôi chùa mang tính chất tu hành, ngôi chùa làng gắn chặt với cộng đồng dân cư thành một phần hữu cơ. Hầu như mỗi làng đều có một ngôi chùa, ở đây không có sư xuất gia mà chỉ có cư sĩ tại gia trông coi hương khói và nghi lễ cầu cúng. Sự phối tự thờ cúng ở đây khá phong phú: Thờ Phật có Tam Thế Phật, Quan Thế âm Bồ Tát, Bồ Đề Đạt Ma,… Thờ Ngọc Hoàng Thượng đế haibên có Nam Tào, Bắc Đẩu, Thập Điện Diêm Vương. Thờ Thánh Quan Thánh đế Quân, Thánh Thiên Yana. Bên ngoài có Kim Cang,Hộ Pháp và Tiêu Diện đại sĩ…
*Các thiết chế theo nghề nghiệp
- Lăng Ông: đây là thiết chế văn hóa quan trọng đối với đời sống tâm linh của cộng đồng cư dân ngư nghiệp.
- Miếu Thần Nông: đối với cư dân các làng nông nghiệp xuất phá từ sự cầu mong mưa thận gió hòa, sâu rày không phá hoại để mùa màng bội thu hang năm…
-Miếu thờ Tổ nghề: đối với các làng hoặc các cụm dân cư hay nhóm thợ nghề thủ công đều có hình thức thờ Tổ nghề tại nhà thợ cả hoặc chủ thợ. Ở Hội An có miếu thờ: tổ nghề gốm ở ấp Nam Diêu, xã Thanh Hà; tổ nghề khai thác yến sào ở làng Thanh Châu… Trong hệ thống các tổ nghề thì vị nữ thần có thần hiệu là “ Cửu thiên Huyền Nữ Thánh Tổ Đạo Mẫu Nguyên quân” được xem là tổ khai sang của nhiều nghề.
- Miếu thờ của các phổ nghề (miếu phổ): đối với cư dân làm nghề thủ công, dịch vụ buôn bán, tùy theo từng khu vực cư trú mà hình thành các phổ rồi lập ra miếu thờ riêng như: miếu Tín Nghĩa của phổ Tín Nghĩa, các miếu phổ
nghề gốm như: Trung Hòa, Trung Lương…tạo điều kiện liên kết, giúp đỡ nhau trong kinh doanh, hành nghề.
*Các thiết chế tín ngưỡng theo địa dư xóm/phổ/giáp/phe
- Miếu Ngũ hành: đây là nơi thờ Ngũ hành Tiên nương. 5 yếu tố căn bản và cũng là 5 tính chất của vạn vật: Kim, Mộc, Thủy, Hỏa, Thổ. Miếu này chiếm tỉ lệ khá lớn và phổ biến trong cộng đồng cư dân làng, xã.
- Lăng bà/miếu bà: rất phổ biến ở Hội An. Danh thần bà ở đây đứng đầu là Thiên Y Na Diễn Ngọc Phi vốn là Nữ thần Yan Inư Po Nagar của cư dân bản địa (người Chăm) được cư dân Việt tiếp thu và biến đổi cho phù hợp với màu sắc tín ngưỡng của dân gian Việt.
- Miếu thần: ngoài các vị thổ thần, thủy thần và các thần liên quan đến nghề nghiệp, nữ thần…thì cư dân Hội An theo địa bàn cư trú còn có một số hình thức miếu thờ thần đơn lẻ khác như: Thái giám Bạch Mã Tôn thần, Sơn Tinh nhị vị…
*Các thiết chế tín ngưỡng khác
- Miếu Văn chỉ: Thờ Đức Khổng Tử, tiến sĩ của làng,…
-Miếu Quan Công (cư dân Hội An quen gọi là chùa Ông): tuy ít gặp ở nông thôn nhưng đặc biệt phổ biến ở thành thị. Tuy hệ thống thần thánh được tôn thờ ở Hội An rất đa dạng và phong phú, nhưng Quan Công lại được xem như vị thánh linh thiêng nhất. Miếu thờ Quan Công được xây dựng ngay trong trung tâm khu phố cổ, trở thành một trung tâm tín ngưỡng thiêng liêng, quanh năm hương khói nghi ngút. Trong các gia đình, từ xa xưa người Hội An đã có quan niệm thờ Quan Công như thờ một vị thần hộ mạng, bảo hộ cho sự bình an của gia đình. Trên khám thờ Quan Công thường được đặt bộ tượng hoặc tranh Quan Công, Quan Bình cùng Châu Thương.
-Ngoài ra còn có Miếu thờ thần Bắc Đế Trấn Võ, chùa Bà Mụ,…