IV. CẬN LÂM SÀNG
4.8. Xét nghiệm Vi sinh
4.8.1. Chỉ định xét nghiệm
- Các trường hợp nghi ngờ, cần làm xét nghiệm khẳng định nhiễm SARS- CoV-2.
- Lấy bệnh phẩm (dịch hầu họng, dịch mũi họng) xét nghiệm.
- Khi âm tính nhưng vẫn nghi ngờ về lâm sàng, cần lấy mẫu bệnh phẩm dịch hút phế quản, hoặc dịch rửa phế quản, rửa phế nang. Nếu đang thở máy thì lấy bệnh phẩm dịch đường hô hấp dưới.
- Không dùng xét nghiệm phát hiện kháng thể kháng SARS-CoV-2 để chẩn đoán đang mắc COVID-19.
- Xét nghiệm kháng nguyên SARS-CoV-2 sử dụng để phát hiện kháng nguyên của vi rút.
- Xét nghiệm SARS-CoV-2 trong quá trình điều trị người bệnh được chỉ định theo yêu cầu cụ thể của Bác sĩ điều trị trên từng người bệnh.
- Cấy máu nếu nghi ngờ hoặc có nhiễm trùng huyết, cấy máu cần xác định các căn nguyên vi khuẩn, nấm nếu có các dấu hiệu lâm sàng nghi ngờ nhiễm trùng, nhiễm nấm huyết.
- Bệnh phẩm được lấy theo quy định chuyên môn, nên lấy 2 mẫu ở 2 vị trí, cùng thời điểm.
- Cấy bệnh phẩm đường hơ dưới nếu nghi ngờ hoặc có nhiễm khuẩn bội nhiễm. Cần xét nghiệm xác định căn nguyên vi khuẩn, nấm nếu có các dấu hiệu lâm sàng nghi ngờ.
- Các bệnh phẩm đường hô hấp dưới bao gồm: đờm, dịch hút nội khí quản, dịch rửa phế quản, dịch rửa phế nang. Ngoài ra các bệnh phẩm khác (nước tiểu, mủ, phân, dịch các khoang vô trùng, dịch dẫn lưu…) cũng cần được xác định căn nguyên vi khuẩn, nấm nếu có dấu hiện gợi ý nhiễm khuẩn kèm theo.
- Bệnh phẩm được lấy theo quy định chuyên môn để xác định căn nguyên gây nhiễm trùng.
- Các bệnh phẩm nuôi cấy máu, hơ hấp và các bệnh phẩm vi sinh khác có thể chỉ định lập lại sau 2-3 ngày ở các người bệnh có dấu hiệu nhiễm khuẩn, nhiễm nấm nặng để theo dõi sự xuất hiện các tác nhân mới, tác nhân kháng thuốc trong quá trình điều trị.
- Các xét nghiệm sinh học phân tử xác định tác nhân gây nhiễm trùng, nhiễm nấm và gene kháng kháng sinh có thể được sử dụng để phát hiện nhanh căn nguyên, điều trị kịp thời ở các cơ sở y tế có điều kiện.
- Những trường hợp dương tính với SARS-CoV-2 cần báo cáo Bộ Y tế hoặc CDC địa phương theo quy định hiện hành.
- Xác định về mặt dịch tễ học: nơi sinh sống, nơi làm việc, đi lại, lập danh sách những người đã tiếp xúc trực tiếp, tuân thủ theo hướng dẫn giám sát và phòng, chống COVID-19 của Bộ Y tế.
4.8.2. Xét nghiệm chẩn đoán căn nguyên
a) Xét nghiệm Realtime RT-PCR
Xét nghiệm này được thực hiện trên các mẫu bệnh phẩm hơ hấp như mẫu ngốy dịch tỵ hầu, mẫu phết họng, mẫu dịch hút khí quản… kỹ thuật Realtime RT- PCR là xét nghiệm có độ nhạy và độ đặc hiệu cao
b) Xét nghiệm nhanh phát hiện kháng nguyên
- Xét nghiệm nhanh phát hiện kháng nguyên vi rút SARS-CoV-2 nhằm phát hiện các protein bề mặt của vi rút (hay các thành phần cấu trúc kháng nguyên khác) trong mẫu bệnh phẩm. Ưu điểm cho kết quả nhanh, nhược điểm độ nhạy và độ đặc hiệu thấp hơn kỹ thuật PCR.
- Mẫu bệnh phẩm bao gồm mẫu ngoáy dịch tỵ hầu, mẫu ngoáy dịch họng, mẫu nước bọt và các mẫu khác theo hướng dẫn của nhà sản xuất.
4.8.3. Chẩn đoán phân biệt
- Cần chẩn đoán phân biệt với viêm đường hô hấp cấp do các tác nhân hay gặp khác:
+ Vi rút cúm mùa (A/H3N2, A/H1N1, B), vi rút á cúm, vi rút hợp bào hô hấp (RSV), rhinovirus, myxovirrus, adenovirus.
+ Hội chứng cảm cúm do các chủng coronavirus thông thường.
+ Các căn nguyên gây nhiễm khuẩn hay gặp, bao gồm các các vi khuẩn khơng điển hình như Mycoplasma pneumonia…
+ Các căn nguyên khác có thể gây viêm đường hơ hấp cấp tính nặng như cúm gia cầm A/H5N1, A/H7N9, A/H5N6, SARS-CoV và MERS-CoV.
- Cần chẩn đốn phân biệt các tình trạng nặng của người bệnh (suy hô hấp, suy chức năng các cơ quan...) do các căn nguyên khác hoặc do tình trạng nặng của các bệnh lý mạn tính kèm theo.