4. Kỹ thuật giải trình tự DNA tự động dựa trên phương pháp giải trình tự Sanger kinh điển.
4.3. Những phương pháp tìm dữ liệu trình tự DNA nghiên cứu
4.3.1. FASTA
Đây là chương trình tìm kiếm cơ sở dữ liệu đầu tiên có tốc độ nhanh, được giới thiệu vào nãm 1988 bởi William Pearson và David Lipman.
FASTA sử dụng trong nghiên cứu sinh học được thực hiện bằng cách quét các chuỗi ngắn chắnh xác dưới dạng "chữ". Các cặp trình tự týõng đồng sẽ có ắt nhất một đoạn ký tự ngắn chung. Chương trình FASTA được sử dụng hữu ắch để so sánh sự tương đồng hai chuỗi DNA có sẵn tại http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta/lalign2.htm.
4.3.2. BLAST
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) là phương pháp được sử dụng rộng rãi nhất để tìm kiếm sự tương đồng giũa các trình tự, nó cũng là một trong những công cụ tìm kiếm gene nhanh nhất dựa trên lý thuyết thống kê nghiêm ngặt.
Giống như FASTA, BLAST xác định các trình tự tương đồng bằng cách tìm kiếm dưới dạng ký tự giúp loại bỏ các trình tự không thắch hợp, làm giảm đáng kể thời gian tìm kiếm. Chương trình tìm kiếm ban đầu cho một ký tự của một đoạn DNA có chiều dài nhất định, thường là 11 nucleotide.
Phiên bản gốc của BLAST (được biết đến như BLAST 1.4) có lý thuyết thống kê nghiêm ngặt. Mặc dù trên thực tế, chương trình này thực hiện tốt cho nhiều mục đắch tìm kiếm trong sinh học nhưng có độ nhạy thấp hơn hơn so với thuật toán Smith-Waterman và chương trình FASTA, ắt nhất là khi chạy với các thông số mặc định.
BLAST là chương trình có sẵn để tìm kiếm tại trang web NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) và nhiều trang web khác trên thế giới. Có ba chương trình làm việc giúp tìm kiếm nucleotide và hai chương trình giúp tiềm kiếm trình tự acid amin của protein.
KẾT LUẬN
HIV là virus gây hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải trên người, đến nay vẫn chưa có vắc xin phòng bệnh và chưa có thuốc điều trị đặc hiệu. Đại dịch HIV/AIDS đang tiếp tục lan rộng trên toàn cầu và là mối nguy hại cho sức khỏe cộng đồng. Vì vậy kiểm soát và ngăn chặn quá trình lây nhiễm HIV chủ yếu dựa vào việc phát hiện nguồn bệnh lây lan trong giai đoạn sớm.
Có nhiều phương pháp phát hiện HIV khác nhau không ngừng được phát triển trong đó góp phần không nhỏ là sự tiến bộ vượt bậc của các kỹ thuật công nghệ sinh học mà đặc biệt là giá ứng dụng của các kỹ thuật giải trình tự gen nói chung và kỹ thuật giải trình tự gen tự động nói riêng.
1. Bộ Y tế (2005c), ỘHướng dẫn chẩn đoán và điều trị HIV/AIDS Ợ.
2. Bùi Đại, Nguyễn Văn Mùi, Nguyễn Hoàng Tuấn (2005), ỘBệnh học
truyền nhiễmỢ, NXB Y học, (335, 355-362).
3. Đỗ Trung Phấn (1999), ỘHIV/AIDS và an toàn truyền máuỢ, NXB Y
học, ( 24-47).
4. Dự án quỹ toàn cầu HIV/AIDS tại Việt Nam, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ương, Bộ Y tế (2004), ỘTăng cường chăm sóc, tư vấn, hỗ trợ
người nhiễm HIV/AIDS và các hoạt động phòng chống HIV dựa vào cộng đồng tại Việt NamỢ, Báo cáo điều tra cơ bản dự án.
5. Dự án quỹ toàn cầu HIV/AIDS tại Việt Nam, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ương, Bộ Y tế (2004), ỘTăng cường chăm sóc, tư vấn, hỗ trợ
người nhiễm HIV/AIDS và các hoạt động phòng chống HIV dựa vào cộng đồng tại Việt NamỢ, Báo cáo điều tra cơ bản dự án.
6. Nguyễn Triệu Vân, Đỗ Trung Phấn. Số lượng lymphocyte T và một
số thông số huyết học ở bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS. Tạp chắ Y học Việt Nam, năm 1999.
7. Phạm Nhật An và Cs (1995), ỘNhiễm HIV/ AIDS y học cơ sở lâm
sàng và phòng chốngỢ, NXB Y học, Hà Nội (26-51)
8. Trường Đại học Y khoa Hà Nội (1995), ỘNhiễm HIV/AIDS, y học cơ
lymphocyte cell death in human immunodeficiency virus infection and AIDS.". J. Gen. Virol. 84 (7): 1649Ờ1661. doi:10.1099/vir.0.19110-0. PMID 12810858
2. Berger A, Preiser W, Doerr HW. The role of viral load determination for the management of human immunodeficiency virus, hepatitis B virus and hepatitis C virus infection. J Clin Virol 2001; 20: 23-30. http://amedeo.com/lit.php?id=11163579
3. Bradley Hare, C. (2004). Clinical overview of HIV disease. In L. Pieperl, S. Coffey, O. Bacon, &
4. Brenchley JM, Price DA, Schacker TW, Asher TE, Silvestri G, Rao S, Kazzaz Z, Bornstein E, Lambotte O, Altmann D, Blazar BR, Rodriguez B, Teixeira-Johnson L, Landay A, Martin JN, Hecht FM, Picker LJ, Lederman MM, Deeks SG, Douek DC, 2006, "Microbial translocation is a cause of systemic immune activation in chronic HIV infection".
Nat. Med. 12 (12): 1365Ờ71. doi:10.1038/nm1511. PMID 17115046
5. Brenchley JM, Schacker TW, Ruff LE, Price DA, Taylor JH, Beilman GJ, Nguyen PL, Khoruts A, Larson M, Haase AT, Douek DC , 2004, "CD4+ T cell depletion during all stages of HIV disease occurs predominantly in the gastrointestinal tract". J. Exp. Med. 200 (6): 749Ờ 59. doi:10.1084/jem.20040874. PMID 15365096
6. Busch MP, Satten GA. Time course of viremia and antibody seroconversion following human immuno-deficiency virus exposure. Am J Med 1997; 102 (suppl 5B): 117ự24. http://amedeo.com/lit.php? id=9845513
one-step purification. Protein Expr Purif. 4(5):367-72.
8. Christian L. Althaus,* Anneke S. De Vos, and Rob J. De Boer, 2009, Reassessing the Human Immunodeficiency Virus Type 1 Life Cycle through Age-Structured Modeling: Life Span of Infected Cells, Viral Generation Time, and Basic Reproductive Number, R0 Journal of Virology, p. 7659-7667, Vol. 83, No. 15
9. Ghrayeb J, Kato I, McKinney S, Huang JJ, Chanda PK, Ho DD, Sarangadharan MG, Chang TW, Chang NT, 1986, Human T-cell lymphotropic virus type III (HTLV-III) core antigens: synthesis in
Escherichia coli and immunoreactivity with human sera. DNA.
5(2):93-9.
10.Gupta S, Arora K, Gupta A, Chaudhary VK, 2000, Gag-derived proteins of HIV-1 isolates from Indian patients: cloning, expression, and purification of p24 of B- and C-subtypes. Protein Expr Purif. 19(3):321-8.
11.Gupta SK, Sengupta J, Bisht R, Bhatnagar A, Kaul R, 1997, Human immunodeficiency virus type-1 p24 sequence from an Indian strain: expression in Escherichia coli and implications in diagnostics. : Gene., 29;190(1):27-30.
12. Gurtler L, Mịhlbacher A, Michl U, et al, 1998,. Reduction of the diagnostic window with a new combined p24 antigen and human immunodeficiency virus antibody screening assay. J Virol Meth 75:27ự38. http://amedeo.com/lit.php?id=9820572
doi:10.1016/j.it.2006.04.007. PMID 16679064
14. Kenealy W, Reed D, Cybulski R, Tribe D, Taylor P, Stevens C, Matthews T, Petteway S, 1987, Analysis of human serum antibodies to human immunodeficiency virus (HIV) using recombinant ENV and GAG antigens. AIDS Res Hum Retroviruses. 3(1):95-105.
15. Larcher C, Brỏker M, Huemer HP, Sỏlder B, Schulz TF, Hofbauer JM, Wachter H, Dierich MP, 1990. Characterization of monoclonal antibodies to human immunodeficiency virus type 1 gp41 by HIV-1 polypeptides expressed in Escherichia coli. FEMS Microbiol Immunol., 2(2):103-10.
16. Lenz A, von Hintzenstern J, Erlwein O, Ellinger S, Brỏker M, Fleckenstein B, Jahn G, 1987. Serologic AIDS diagnosis with polypeptides obtained by genetic technics of the human immunodeficiency virus (HIV-1). Klin Wochenschr. 2;65(21):1042-7.
17. Lundberg, G. D., 1988. Serological Diagnosis of Human Immunodeficiency Virus Infection by Western Blot Testing. JAMA 260:674-679.
18. Ly TD, Laperche S, CouroucÈ AM. Early detection of human immunodeficiency virus infection using third-and fourth-generation screening assays. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2001; 20:104ự10.http://amedeo.com/lit.php?id=11305462
19. Meier T, Knoll E, Henkes M, Enders G, Braun R,2001, Evidence for a diagnostic window in fourth generation assays for HIV. J Clin Virol ; 23:113-6. http://amedeo.com/lit.php?id=11595590
of Epidemiology, Johns Hopkins University, Bloomberg School of PublicHealth, 615N. Wolfe Street, Baltimore, Maryland 21205, USA. kenelson@jhsph.edu, 21 Suppl 6:S47-54.
21. P. Volberding (Eds.), HIV InSite knowledge base. San Francisco: Center for HIV Information, University of California, San Francisco.http://www.sfaf.org/hiv-info/basics/
22. Popovic M, Sarngadharan MG, Read E, et al, 1984. Detection, Isolation,and Continuous Production of Cytopathic Retroviruses (HTLV-III) from Patients with AIDS and Pre-AIDS. Science 224:497-
23. Riabinina SA, Baranova EN, Sharipova IN, Susekina MI, Puzyrev VF, Obriadina AP, Burkov AN, Ulanova TI, 2007. Evaluation of diagnostic efficiency of the recombinant protein modeling immunodominant epitope V3 of envelope gp120 for immunoenzyme detection for HIV-1 infection antibodies. Mol Gen Mikrobiol Virusol.;(3):33-6.
24. Saha K, Zhang J, Gupta et al, 2001. Isolation of primary HIV-1 that target CD8+ T lymphocytes using CD8 as receptor. Nat Med, 7: 65-72. http://amedeo.com/lit.php?id=1135618
25. Samuel KP, Seth A, Zweig M, Showalter SD, Papas TS, 1988. Bacterial expression and characterization of nine polypeptides encoded by segments of the envelope gene of human immunodeficiency virus. Gene.15;64(1):121-34.
26. Shoeman RL, Young D, Pottathil R, Victor J, Conroy RR, Crowl RM, Coleman T, Heimer E, Lai CY, Ganguly K, et al, 1987. Comparison of recombinant human immunodeficiency virus gag precursor and gag/env fusion proteins and a synthetic env peptide as diagnostic reagents. Anal Biochem. 161(2):370-9.
immunodeficiency virus type 1. Microbiol Immunol. 36(8):823-31.
28. Textbook of Pathology by Harsh Mohan, ISBN 81-8061-368-2
29. Thorn RM, Beltz GA, Hung CH, Fallis BF, Winkle S, Cheng KL,
Marciani DJ, 1987. Enzyme immunoassay using a novel recombinant polypeptide to detect human immunodeficiency virus env antibody.
30. Centers for Disease Control and Prevention. (2001). "Revised guidelines for HIV counseling, testing, and referral". MMWR Recomm Rep. 50 (RR-19): 1-57.
31. Clin Microbiol. 25(7):1207-12.