4. Kỹ thuật giải trình tự DNA tự động dựa trên phương pháp giải trình tự Sanger kinh điển.
4.1. Cấu tạo máy và nguyên tắc hoạt động
Phương pháp giải trình tự Dye-terminator được thực hiện với các chuỗi đơn DNA. Bốn loại ddNTPs đýợc đánh dấu với bốn màu huỳnh quang khác nhau và phát hiện bởi các bước sóng huỳnh quang khác nhau.
Hình 9: Đánh dấu huỳnh quang các ddNTP
Cấu tạo máy giải trình tự DNA tự động gồm hai phần chủ yếu là: Phần điện di bằng gel polyacrylamide và phần phát hiện vạch điện di.
+ Phần điện di có thể là bản gel polyacrylamide hoặc là mao quản chứa gel. Số lượng mao quản (1,4,16,48,96) trên máy tùy thuộc vào số lượng mẫu DNA cần phần tắch.
+ Phần phát hiện vạch điện di là những mắt cản quan và có chùm tia laser đi qua nó.
Ngoài ra, một số máy còn có các chương trình khác như: (1) Phát hiện chi tiết các mã khởi đầu, mã kết thúc hoặc vùng đọc mở ORF, trình tự đặc hiệu cho các enzyme cắt giới hạn, các dấu ấn di truyền để giúp việc xây dựng bản đồ gene dễ dàng hơn; (2) Phiên dịch trình tự vùng đọc mở thành các acid amin trên chuỗi polypeptid của Protein, do đó có thể giúp chẩn đoán hoặc làm cơ sở ban đầu của tìm hiểu chức năng gene; (3) Tự động so sánh DNA trong thắ nghiệm hoặc so sánh với trình tự DNA tham khảo đã công bố trong ngân hàng dữ liệu, xác định sự tương đồng trình tự nucleotid trên chuỗi gene để làm cơ sở xác định gene và chức năng gene.
Nguyên tắc hoạt động của máy là trong suốt quá trình điện di, mỗi khi có một vạch điện di đi qua chùm tia laser thì vạch điện di sẽ phát sáng lên sẽ được mắt cảm quang ghi nhận và lưu lại thành một cuòng độ đỉnh sáng trong biểu đồ. Từ biểu đồ của các đỉnh cường độ sáng này, máy sẽ so dòng của các đỉnh tương ứng với nhau và phân tắch thành trình tự của đoạn DNA.