Luật thuế giá trị gia tăng từ khi ra đời cho đến khi đa vào thực tiễn ở nớc ta đã đem lại kết quả to lớn nh là: đảm bảo nguồn thu cho ngân sách nhà nớc không bị biến động lớn, ổn định thị trờng giá cả, khuyến khích xuất khẩu, thúc đẩy sản xuất kinh doanh; tạo điều kiện cho các cơ quan quản lý nhà n- ớc kiểm tra giám sát chặt chẽ hoạt động kinh doanh, đa việc hạch toán kế toán và việc sử dụng hoá đơn ở các đối tợng nộp thuế đi vào nề nếp… Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đạt đợc nh nêu trên, pháp luật thuế giá trị gia tăng và việc áp dụng luật thuế giá trị gia tăng vẫn còn những tồn tại, vớng mắc cần phải giải quyết nh: một số thiếu sót, bất cập ngay trong các văn bản, pháp luật về thuế giá trị gia tăng; vấn đề sử dụng hoá đơn, vấn đề khấu trừ thuế, vấn đề hoàn thuế… những tồn tại chủ yếu là:
-Trong một thời gian ngắn, sau luật thuế giá trị gia tăng có nhiều văn bản dới luật đợc ban hành nhằm để giải quyết vấn đề thực tế phát sinh, điều đó đã làm cho pháp luật thuế giá trị gia tăng trở nên phức tạp, chắp vá gây khơng ít khó khăn cho việc theo dõi, áp dụng thuế giá trị gia tăng của đối tợng nộp thuế và sự kiểm tra, giám sát của cơ quan nhà nớc có thẩm quyền cũng nh đánh giá mức độ tác động của thuế giá trị gia tăng đối với nền kinh tế thể hiện ở:
+ Một số quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng và một số các quy định của văn bản dới luật cha thống nhất.
+Một số quy định trong các văn bản pháp luật thuế giá trị gia tăng cịn cha rõ ràng, gây khó khăn khi áp dụng và dẫn đến tuỳ tiện.
+Nguyên tắc của thuế giá trị gia tăng là chỉ khấu trừ thuế đầu vào đối với những hàng hố, dịch vụ mà ở khâu trớc có đánh thuế đầu ra, trong 1 chừng mực nhất định thì nguyên tắc này cha đợc quán triệt đầy đủ trong pháp luật thuế giá trị gia tăng.
-Vớng mắc tồn tại trong khi thực hiện pháp luật thuế giá trị gia tăng.
+Theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng căn cứ để khấu trừ thuế đầu vào là hoá đơn giá trị gia tăng, hoá đơn bán hàng và bảng kê mua hàng có thể phù hợp với điều kiện hiện tại của nớc ta nhng kéo dài tình trạng này sẽ gây khó khăn cho cơng tác quản lý và sự vận hành của thuế giá trị gia tăng.
-Việc xử lý hoàn thuế giá trị gia tăng đợc thực hiện theo trình tự “hồn thuế trớc, kiểm tra sau” đã tạo ra nhiều cơ hội cho đối tợng nộp thuế gian dối để có thể chiếm đoạt tiền của nhà nớc.