vi khuẩn.
Hệ thống phương pháp nghiên cứu về vi khuẩn ngày càng được hoàn thiện, từ những nghiên cứu ban đầu về hình thái khuẩn lạc cho tới ứng dụng các kỹ thuật hiện đại. Việc nghiên cứu về hình thái khuẩn lạc tuy rất đơn giản song cũng ngày càng bộc lộ nhiều hạn chế trong việc phân tích kết quả nghiên cứu do: Kết quả về hình thái khuẩn lạc dễ bị lẫn lộn không ổn định do phụ thuộc vào điều kiện nuôi cấy, thử hoạt tính sinh hóa phức tạp, để ổn định phải yêu cầu điều kiện thí nghiệm rất nghiêm ngặt. Các thí nghiệm tiến hành tiêu tốn nhiều thời gian trong khi đó kết quả đem lại khó đối chiếu do không đồng nhất về điều kiện thí nghiệm và các thông tin thu được khó số hóa. Đánh giá sự đa dạng và mối quan hệ phát sinh ít đem lại kết quả cao.
Ngày nay, nhờ vào sự phát triển của kỹ thuật sinh học phân tử DNA (PCR-RFLP và Sequencing), giải mã thông tin DNA… các kết quả thu được luôn nhanh, nhạy, chính xác, ổn định, dễ đối chiếu so sánh hơn nữa còn bộc lộ
được mối quan hệ và sự đa dạng về di truyền. Áp dụng các kỹ thuật sinh học hiện đại còn đưa lại kết quả ứng dụng nhờ biểu hiện gen của vi khuẩn trên cơ thể nhiều vật chủ khác nhau như Ecoli, Pichia pastoris…
Trong nghiên cứu định loại về vi khuẩn và xác định quan hệ di truyền thì trình tự 16S- rDNA được đánh giá là tiêu chuẩn vàng với những ưu điểm:
- Đây là trình tự mã hóa cho ribosome có cấu trúc di truyền ổn định trong cả giới vi khuẩn.
- Trình tự này mang thông tin di truyền để có thể phân biệt quan hệ giữa các loài khác nhau thậm chí là cả các phân loài, chủng…vv.
- Việc phân lập, giải trình tự của trình tự này hoàn toàn dễ dàng và thuận lợi do nó mang những vùng bảo thủ thuận lợi cho việc thiết kế mồi.
- Cơ sở dữ liệu của trình tự 16S- rDNA trên Genbank rất phong phú và có nhiều thuận lợi cho các nhà khoa học có thể so sánh đối chiếu và đánh giá kết quả.
Chính vì vậy mà việc ứng dụng kỹ thuật sinh học hiện đại đặc biệt là kỹ thuật giải trình tự 16S- rDNA đã đưa đến một kết quả nhanh chóng, dễ dàng và có độ tin cậy cao, đáp ứng được mục tiêu và yêu cầu mà đề tài hướng tới.
CHƯƠNG II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU