Bờn cạnh những thành tựu đạt được trong việc sử dụng nguồn vốn ODA của Nhật Bản vào giao thụng đường bộ TPHCM thỡ vẫn cũn tồn tại những hạn chế cần nhanh chúng giải quyết nhằm phỏt huy hiệu quả từ nguồn lực này cho phỏt triển kinh tế - xó hội của thành phố :
- Nhiều cụng trỡnh giao thụng giải ngõn chậm làm cho tiến độ thi cụng bị kộo dài, hoàn thành dự ỏn khụng kịp tiến độ đề ra. Từ đú đẩy chi phớ của dự ỏn lờn cao do trượt giỏ vật tư, tăng chi phớ tư vấn, chi phớ quản lý dự ỏn cũng tăng nờn gõy lóng phớ trong sử dụng vốn.
- Nhiều dự ỏn thay đổi thiết kế làm tăng vốn đầu tư. Cho nờn nú gõy khú khăn cho việc huy động nguồn vốn tăng thờm. Cơ cấu vốn thay đổi cũng làm cụng tỏc quản lý gặp nhiều khú khăn. Việc thay đổi thiết kế làm kộo dài thời gian của dự ỏn do đú cũng làm phỏt sinh thờm nhiều chi phớ khỏc. Bởi vậy cần cú sự tớnh toỏn kỹ lưỡng trước khi đưa ra một quyết định thay đổi để sử dụng nguồn vốn ODA một cỏch tối ưu nhất.
- Hiệu quả đầu tư và chất lượng cỏc cụng trỡnh chưa cao. Tỡnh trạng sử dụng vốn một cỏch dàn trải, thiếu trọng điểm làm cho cỏc dự ỏn dở dang, chi phớ tăng cao. Hàng loạt cỏc dự ỏn bị rỳt ruột, sử dụng nguyờn liệu khụng đỏp
ứng được yờu cầu kỹ thuật bởi vậy sản phẩm của những cụng trỡnh đú cú chất lượng kộm là điều dễ hiểu. Sự thụng đồng của những người đứng đầu Ban quản lý dự ỏn với nhà thầu làm mất lũng tin của nhà tài trợ vào việc quản lý và sử dụng vốn ở cỏc dự ỏn. Nhiều cụng trỡnh sau nhiều năm dũng dó thi cụng đến khi hồn thành và đưa vào sử dụng chưa lõu thỡ đó bộc lộ những khiếm khuyết; tỡnh trạng xuống cấp nhanh chúng đũi hỏi một lượng vốn lớn để cải tạo, nõng cấp làm cho nguồn vốn đầu tư vào cỏc cụng trỡnh mới bị thu hẹp.
- Nhiều cụng trỡnh thi cụng dở dang gõy cản trở giao và gia tăng tai nạn giao thụng. Những “ lụ cốt ” ỏn ngữ khiến đường phố vốn đó chật hẹp nay càng làm cho việc di chuyển trở nờn khú khăn.
- Vướng mắc trong GPMB và tỏi định cư là vấn đề muụn thuở của cỏc dự ỏn giao thụng đường bộ. Cụng tỏc GPMB phải phự hợp với chớnh sỏch di dõn của nhà tài trợ, đồng thời phải tuõn thủ những quy định hiện hành của Việt Nam về đền bự và GPMB. Những khỏc biệt của hai chớnh sỏch này sẽ gõy trở ngại cho việc GPMB và triển khai dự ỏn. Việc GPMB cũn gặp nhiều khú khăn do bất đồng về giỏ đền bự cho người dõn và thiếu đất phục vụ cụng tỏc tỏi định cư.