Mặc dù hệ thống pháp luật đã được quy định khá đầy đủ nghĩa vụ bảo vệ khoáng sản chưa khai thác; các biện pháp chế tài để răn đe các hành vi vi phạm pháp luật về khoáng sản từ xử lý vi phạm hành chính đến truy cứu trách nhiệm hình sự, tuy nhiên, trong thực thế cịn nhiều tổ chức, cá nhân vì lợi nhuận đã tiến hành khai thác khống sản trái phép, khơng phép làm tổn thất tài ngun khống sản quốc gia. Việc lợi dụng quyền quản lý, bảo vệ và phát triển rừng, một số cá nhân, tổ chức đã tiến hành khai thác khống sản mà khơng được phép của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Một số loại khống sản khó bảo vệ như vàng, đá quý, thiếc… Việc tổ chức bảo vệ, giải tỏa chỉ mang tính tạm thời khơng xóa bỏ triệt để khai thác trái phép. Thơng thường Ủy ban nhân dân các cấp thành lập Đoàn kiểm tra liên ngành để giải tỏa và duy trì lực lượng một thời gian để ổn định tình hình. Tuy nhiên, phương thức này được áp dụng từ lâu tại nhiều địa phương nhưng tỏ ra kém hiệu quả do mang nặng tính hành chính, khơng kịp thời nên khi lực lượng giải tỏa đến thì phần lớn lực lượng khai thác trái phép đã rút khỏi hiện trường, tẩu tán phương tiện, thiết bị. Việc lập Phương án bảo vệ có thể khơng hiệu quả mà cịn có thể tốn ngân sách, có khi tạo điều kiện cho cơ hội bảo kê khai thác trái phép. Vì vậy, cần nghiên cứu cách thức bảo vệ gắn với quyền thăm dò, khai thác.
Trách nhiệm bảo vệ khống sản chưa khai thác trong diện tích được cấp phép thăm dò, khai thác ở một số doanh nghiệp thực hiện chưa tốt. Tình trạng khi thăm dị có phát hiện mới về khống sản nhưng khơng báo cáo cơ quan nhà nước quản lý nhà nước về khống sản; khai thác khống sản đi kèm có giá trị cao hơn khống sản chính.
Theo quy định, việc lập Phương án bảo vệ khoáng sản chưa khai thác được quy định giao cho Sở Tài nguyên và Môi trường cấp tỉnh lập. Theo khái niệm khống sản thì các địa phương đều có khống sản chưa khai thác, vì vậy nêu lập Phương án bảo vệ cho các loại khống sản cả tỉnh thì quy mơ lớn, cịn
tập trung vào khu vực nào thì cần có tiêu chí để khoanh định diện tích, ranh giới; việc bảo vệ khoáng sản sẽ phân cho xã hay thành lập đội bảo vệ chuyên môn; nếu phân cho các xã thì phân bổ kinh phí theo cách thức nào, việc xác định kinh phí cho thực hiện cần có định mức cơng việc, đơn giá làm cơ sở để xác định kinh phí. Mặt khác, cần làm rõ quy định thời gian Phương án bảo vệ theo năm hay theo đối tượng bảo vệ, cũng như trách nhiệm cơ quan bảo vệ nếu xảy ra khai thác trái phép.
Mặt khác, nội dung Phương án bảo vệ khoáng sản chưa khai thác đã quy định tại Điều 18, Điều 20 Nghị định số 158/2016/NĐ-CP ngày 29/11/2016. Tuy nhiên, các nội dung quá rộng, chưa cụ thể cho đối tượng khống sản bảo vệ. Trong khi đó, chưa quy định về phương pháp kỹ thuật, khối lượng, cơ sở xác định kinh phí, thời gian thực hiện và tổ chức nghiệm thu, thanh toán.
Như vậy, các quy định về lập Phương án bảo vệ khoáng sản chưa khai thác chưa có tính khả thi, chưa phù hợp với thực tế.