Chiến lược phát triển Hải quan đến năm 2020 đã xác định mục tiêu chủ yếu của hoạt động kiểm tra sau thông quan là: Đến năm 2020, hoạt động kiểm tra sau thông quan đạt trình độ chuyên nghiệp, chuyên sâu, hiệu quả dựa trên phương pháp quản lý rủi ro với quy trình nghiệp vụ được chuẩn hố trên cơ sở ứng dụng cơng nghệ thông tin kết hợp với các biện pháp chế tài, xử lý nghiêm minh, kiểm tra sau thông quan thay thế dần kiểm tra trong thông quan. Hoạt động kiểm tra của Hải quan chủ yếu là kiểm tra sau thông quan; tỷ lệ kiểm tra thực tế hàng hoá đến 2015 là dưới 10% và đến 2020 phấn đấu đạt dưới 7%, tức là có trên 90% hàng hố xuất nhập khẩu chưa được kiểm tra khi làm thủ tục thông quan, đến năm 2020 việc kiểm tra hải quan sẽ căn bản là kiểm tra sau thông quan.
Tuy nhiên, công tác kiểm tra sau thơng quan cịn gặp một số khó khăn, bất cập như: Quy định hạn chế về đối tượng kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan Hải quan không phản ánh đúng bản chất của công tác kiểm tra sau thơng quan và gây khó khăn trong q trình thực hiện cho cơng chức Hải quan; Việc chưa có quy định về trách nhiệm, quyền hạn của cơ quan Hải quan trong kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan Hải quan khơng đảm bảo tính minh bạch của pháp luật trong quá trình thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan Hải quan; quy định kiểm tra đối với tờ khai có dấu hiệu vi phạm trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày hàng hố được thơng quan cho đến ngày ban hành quyết định kiểm tra là quy định ở Thông tư 38 2015 TT-BTC ngày 25 3 2015 của Bộ Tài chính và các văn bản chỉ đạo của Tổng cục Hải quan, đối chiếu với văn bản Luật và Nghị định là khơng có sự phù hợp và thống nhất; trong trường hợp kiểm tra sau thông quan tại cơ quan Hải quan với tờ khai có nghi ngờ về trị giá, theo quy định tại Thông tư 39/2015/TT-BTC ngày 1/4/2015 và các quy định về kiểm tra sau thông quan tại Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25 3 2015, trong quá trình kiểm tra ở khâu thơng quan, nếu phát hiện có nghi vấn giá mà người khai hải quan khơng u cầu tham vấn thì chuyển kiểm tra
sau thơng quan. Nhằm đạt được mục tiêu như trong chiến lược đề ra, nhóm nghiên cứu đề xuất một số giải pháp như sau.