Đây là trường hợp cấp cứu y tế; do đó, điều trị bao gồm các biện pháp hồi sức cơ bản đảm bảo đầy đủ về đường thở, hô hấp và tuần hoàn, kết hợp điều trị kháng vi-rút theo kinh nghiệm trong trường hợp nghi ngờ viêm não do vi-rút tiến hành đồng thời với các bước chẩn đoán.
Tất cả các ca nghi ngờ viêm não cần được nhập viện và đánh giá đầy đủ. Một số bệnh nhân với những triệu chứng và dấu hiệu nhẹ hơn có thể được xử trí tại phịng chăm sóc bình thường và chuyển sang phịng ICU ngay khi cần thiết. Tất cả các bệnh nhân khác, đặc biệt là những bệnh nhân có biến chứng (ví dụ: rối loạn điện giải nghiêm trọng, đột quỵ, tăng áp lực nội sọ [ICP], phù não, hôn mê, co giật hoặc động kinh) cần được xử trí tại ICU, tốt nhất là tại đơn vị chăm sóc tích cực về thần kinh.[19] [49]
Cần cách ly kịp thời đối với tất cả các dạng viêm não cho đến khi xác định được nguyên nhân gây bệnh; các viêm não lây qua khơng khí hoặc tiếp xúc cho người có sức đề kháng bình thường (HSV, thuỷ đậu, quai bị, rubella, enterovirus, nhiễm vi-rút đường hô hấp trên) cần được cách ly theo các quy định tại cơ sở. Cần sự phối hợp chặt chẽ giữa các bác sĩ lâm sàng và nhóm điều trị bệnh truyền nhiễm đối với các nguyên nhân lây nhiễm ít gặp.
Nguyên nhân gây bệnh thường khơng rõ ràng, và do đó khơng có biện pháp điều trị cụ thể nào trong phần lớn các ca bệnh. Tuy nhiên, đối với những ca bệnh có cơ sở chẩn đốn chắc chắn, cần điều trị trực tiếp tác nhân gây bệnh tiềm ẩn (ví dụ, thuốc kháng vi-rút đối với viêm não do vi-rút; các biện pháp chống nhiễm trùng thích hợp đối với nhiễm trùng do vi khuẩn, nấm hoặc ký sinh trùng).
Ngay cả khi đã chẩn đoán chắc chắn, phương pháp điều trị có thể chỉ bao gồm điều trị hỗ trợ.