CHƢƠNG II : VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.5. Phƣơng pháp phân tích số liệu
Số liệu PCR-ISSR: Phân tích số liệu theo quy ƣớc: 1 - phân đoạn DNA xuất hiện và 0 - phân đoạn DNA khơng xuất hiện khi phân tích sản phẩm PCR-ISSR với phần mềm NTSYS 2.0 [45]. Các thông số đa dạng di truyền của mỗi quần thể nhƣ giá trị alen tổng số (Na), alen hiệu quả (Ne), phần trăm phân đoạn đa hình (PPB), chỉ số đa dạng di truyền Shannon (I) [47], hệ số gen dị hợp tử mong đợi (He) và mức độ thay đổi phân tử (AMOVA) giữa các cá thể trong quần thể và giữa các quần thể đƣợc tính tốn sử dụng phần mền GENALEX 6.3 [43]. Chỉ số đa dạng di truyền tính theo Nei (h) (1973) của mỗi quần thể đƣợc tính theo cơng thức h = ∑pi2 (trong đó pi là tần số của alen thứ i tại locus đó) [39]. Hàm lƣợng thơng tin đa hình (PIC) của mỗi chỉ
thị ISSR đƣợc xác định theo công thức: PICi = 1 - ∑Pij2. Trong đó Pij là tần số alen thứ j của kiểu gen i đƣợc kiểm tra. Thiết lập ma trận khoảng cách di truyền để phân tích thành phần tọa độ (PCA) giữa các cá thể. Lập biểu đồ hình cây theo phƣơng pháp của Nei và Li (1972) trong phần mền NTSYS 2.0 [45] và giá trị bootstrap đƣợc hỗ trợ bởi phần mền Win-Boot [59] với 1000 lần lặp lại.
Số liệu PCR-SSR: Số lƣợng alen tổng số và thành phần alen đƣợc xác định cho
mỗi locus. Các thông số đa dạng di truyền của mỗi quần thể nhƣ phần trăm số phân đoạn đa hình (PPB), chỉ số đa dạng di truyền theo Shannon (I) (Shannon và Weaver, 1949) [47] và theo Nei (h) (1973) [39], hệ số gen di hợp tử mong đợi (He), hệ số gen di hợp tử quan sát (Ho), hệ số tự thụ phấn (Fis) đƣợc tính tốn sử dụng phần mền GENALEX 6.3 [43] và FSTAT [28]. Hệ số khác biệt di truyền (Fst) và sự trơi dạt gen (Nm) cho mỗi locus đƣợc tính theo công thức: Fst = (Ht - mean He)/
Ht và Nm = [(1/Fst)-1]/ 4, trong đó He = 1-∑(pi)2, Ht (tổng dị hợp tử mong đợi) =
1-∑(tpi)2 (pi là tần số của alen thứ i, tpi là tần số của alen thứ i trong tổng số alen.
Khoảng cách di truyền và hệ số tƣơng đồng di truyền giữa các cặp quần thể đƣợc tính tốn dựa trên phần mềm GENALEX 6.3. Phân tích mức độ thay đổi phân tử (AMOVA) cũng đƣợc tiến hành để tính tốn mức độ khác biệt đáng kể giữa các quần thể và giữa các cá thể trong quần thể sử dụng phần mềm GENALEX 6.3. Ma trận khoảng cách di truyền đƣợc thiết lập để phân tích thành phần tọa độ (PCA) giữa các quần thể. Lập biểu đồ hình cây và biểu đồ tọa độ (PCA) theo phƣơng pháp của Nei và Li (1972) trong phần mền NTSYS 2.0 [45], giá trị bootstrap đƣợc hỗ trợ bởi phần mền Win-Boot với số lần lặp lại 1000 lần [59].