Bên cạnh những thành tựu đạt được vẫn còn tồn tại không ít hạn chế làm cản trở việc thúc đẩy xuất khẩu thủy sản của Việt Nam sang thị trường EU.
Thứ nhất, tuy kim ngạch xuất khẩu thủy sản của Việt Nam vào EU tăng ngày càng cao trong những năm vừa qua nhưng hàng thủy sản hàng năm của Việt Nam vẫn chỉ chiếm thị phần nhỏ trong thị trường rộng lớn này. Bên cạnh do EU là thị trường rộng lớn có số đơn đặt hàng nhiều trong khi doanh nghiệp Việt Nam có quy mô nhỏ bé, hạn chế về tài chính, năng suất lao động thấp, nguồn nguyên liệu đầu vào cho sản xuất không ổn định chính điều do làm lỡ nhiều đơn đặt hàng từ phía EU.
Thứ hai, công nghệ chế biến thủy sản của nước ta vẫn còn lạc hậu cho nên thủy sản xuất khẩu vào EU chủ yếu vẫn là hàng thô, sơ chế, những mặt hàng chế biến sâu và giá trị gia tăng còn ít nên chưa vận dụng được những ưu đãi về thuế mà hiệp định khung đem lại. Cơ cấu mặt hàng xuất khẩu chưa đa dạng, chủ yếu tập trung vào một số mặt hàng chủ lực: cá tra, cá basa, cá mực, cá ngừ. Mẫu mã còn đơn điệu chưa tạo được sự hấp dẫn đối với khách hàng. Chất lượng hàng thủy sản chưa cao nên trước những đòi hỏi ngày càng khắt khe về số lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm chủ có doanh nghiệp áp dụng hiệu quả tiêu chuẩn HACCP mới được phép xuất khẩu sang EU. Càng khó khăn hơn khi đầu năm 2010 thủy sản Việt Nam xuất khẩu vào EU phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện của IUU.
Thứ ba, sức cạnh tranh của hàng thủy sản xuất khẩu còn thấp, tuy hàng thủy sản của Việt Nam có sức cạnh tranh trên thị trường EU nhưng xẫn thấp so với các đối thủ khác: Hà Lan, Nauy, Maroc, Trung Quốc, Ấn Độ,…có thể thấy điều này qua thị phần của Việt Nam còn nhỏ so với các nước này. Sức cạnh tranh hàng thủy sản tăng nhưng không ổn định, tốc độ tăng còn chậm. Điểm yếu nhất của sức cạnh tranh thủy sản của Việt Nam là khả năng đáp ứng yêu cầu về chất lượng và an toàn vệ sinh thực phẩm.
Thứ tư, hoạt động thâm nhập thị trường của các doanh nghiệp Việt Nam còn thụ động, phụ thuộc nhiều vào phía đối tác EU. Công nghệ chế biến thủy
sản của Việt Nam dù đã được chú trọng đến khâu đầu tư và nâng cấp song vẫn còn khá lạc hậu.
Sự biến động của thị trường EU do cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ của thế giới năm 2008 và gần đây nhất là cuộc khủng hoảng nợ công của Hy Lạp đang lan rộng sang các nước EU buộc ngành thủy sản Việt Nam phải có những điều chỉnh chiến lược và những giải pháp ứng phó kịp thời chuyển hướng xuất khẩu sang thị trường phi truyền thống, các thị trường đang nổi lên.