Gioan học trường Latinh đã bảy năm, cha Balley thấy cậu lớn tuổi nên cho cậu học triết vào tháng 11 năm 1812.
Ở trường Latinh, Gioan vất vả khổ cực một phần thì khi ở trường triết học, cậu phải xấu hổ khổ cực gấp mười lần. Trong hai năm, so với các sinh viên cùng trường, Gioan là người lớn tuổi nhất và cũng khờ khạo dốt nát nhất. Giáo sư dạy triết giảng và cắt nghĩa bằng tiếng Latinh, sách học cũng in bằng tiếng Latinh, sinh viên đọc bài và trả lời câu hỏi của giáo sư cũng bằng tiếng Latinh, khơng được nói tiếng Pháp. Vì danh từ và ngữ vựng Latinh của Gioan q ít, khơng đủ để hiểu sách mình đọc, khơng hiểu điều giáo sư cắt nghĩa, do đó cũng khơng trả lời được điều nào. Những sinh viên khác, dưới hai mươi tuổi, thấy Gioan đã trên hai mươi mà dốt nát, kém cỏi nên hay cười nhạo cậu.
Gioan thấy mình đần độn, tối dạ hơn mọi người, lại thấy chúng bạn cười nhạo thì buồn bã, xấu hổ và lo sợ mình khơng học được có thể bị cho về, khơng được làm linh mục. Nhưng cậu không hề than trách hờn giận anh em bạn mà vẫn hịa nhã, vui vẻ. Gioan biết chỉ có một mình Chúa mới có thể cứu giúp mình mà thơi, nên cậu trông cậy kêu van đêm ngày, xin Chúa soi lịng mở trí để học hành tấn tới cũng như thêm sức cho mình để chịu khó học hành. Có một số bạn học thấy Gioan hiền lành, khiêm nhường, đạo đức, giữ kỷ luật thì rất kính trọng và coi Gioan như một người nhân đức. Nhưng trong trường có đủ mọi hạng người, tốt cũng như xấu. Có một sinh viên xấu nết hay cười nhạo Gioan. Hắn thấy Gioan không buồn, không giận lại vui cười thì càng giận dữ và trêu chọc hơn nữa. Nhưng dù hắn nói thế nào hay làm gì, Gioan vẫn khơng đáp lại, không chấp việc hắn làm. Thấy vậy, hắn cho rằng Gioan khinh thường mình nên xơng vào đánh Gioan. Dù to con và khỏe mạnh hơn, Gioan khơng đánh trả, mà cịn q gối xin hắn tha cho mình. Sinh viên ấy thấy Gioan nhân đức lạ lùng như thế thì ngi giận, xấu hổ bỏ đi. Từ đấy, hắn rất kính nể và khơng cịn trêu chọc Gioan nữa. Gioan càng ngày càng thăng tiến trên con đường thánh thiện. Các giáo sư dạy học đều khen ngợi về hạnh kiểm của Gioan, cịn về việc học thì cậu cũng tấn tới một chút so với lúc mới vào, nhưng còn kém xa chúng bạn. Đến cuối năm, tới kỳ khảo hạch, Gioan bối rối sợ hãi không trả lời được câu nào nên bề trên quyết định Gioan phải ở lại học triết một năm nữa. Cha Balley thấy Gioan buồn bã xấu hổ thì ngài xin cha giám đốc chủng viện cho Gioan về xứ Ecully học triết với ngài, và cha giám đốc ưng nhận. Cha Balley hết lòng dạy Gioan đêm ngày. Được khoảng năm tháng, cha Balley mời cha chính địa phận và cha giám đốc chủng
viện đến thăm xứ Ecully. Nhân dịp đó, cha xin khảo hạch cho Gioan. Các cha thấy Gioan trả lời được các câu hỏi và các ngài cho là đủ, nên ưng thuận cho Gioan được lên học thần học.