Những ngày tạ ơn sau khi cha Gioan chịu chức linh mục đã qua, đức giám mục bổ nhiệm cha về làm phụ tá cho cha Balley xứ Ecully. Cha Balley thấy Gioan là học trị mình đã thương yêu và dạy dỗ khó nhọc lâu năm được chịu chức linh mục, mà còn được về xứ Ecully giúp đỡ mình nữa thì cám ơn Chúa và Mẹ vô ngần. Cha Gioan lại càng vui mừng hơn nữa vì ngài thật lịng muốn đền đáp ơn nghĩa cho cha Balley là cha linh hướng, là thầy dạy, là người bảo hộ bênh vực và lo cho mình bấy lâu nay. Giờ đây cha Gioan còn được cha Balley hướng dẫn chỉ bảo cho biết cách làm việc, cùng tập nhân đức cho xứng với chức linh mục. Giáo dân xứ Ecully cũng mừng lắm, vì họ biết cha Gioan nổi tiếng nhân đức ngay từ khi còn là học sinh trường Latinh, cho nên ngày nay khi làm linh mục, chắc chắn ngài phải nhân đức hơn bội phần. Riêng cha Gioan được về giúp xứ Ecully và làm phó cho cha Balley thì rất vui mừng nhưng vẫn phải chịu một điều xấu hổ và đau lịng. Đó là khi đức giám mục bổ nhiệm linh mục nào đi coi xứ thì cũng ban cho khả năng giải tội và thi hành các bí tích cho giáo dân trong xứ ấy. Nhưng cha Gioan, khi về giúp xứ Ecully thì chưa được cho phép để giải tội. Đức giám mục bắt cha phải học lại thần học với cha Balley một thời gian nữa mới được giải tội. Cha Gioan lấy điều này làm tủi thân xấu hổ lắm nhưng vì khiêm nhường nên cha vâng lời đức giám mục, là người đại diện cho Chúa, và chịu khó học đi học lại sách luân lý thần học hai ba lượt. Sau đó cha Balley trình với đức giám mục, ngài mới ban năng quyền giải tội cho cha Gioan.
Khi vừa được đức giám mục ban cho quyền ấy, giáo dân đua nhau đến xưng tội với cha. Cha Gioan hiền lành hay thương xót, lại có ơn đặc biệt khuyên bảo được kẻ có tội; ai nghe lời cha khuyên bảo đều ăn năn ghét tội và yêu mến Thiên Chúa, do đó người nào đã đến xưng tội với cha một lần thì cứ muốn xưng mãi với cha, không muốn xưng tội với cha khác.
Trong hai năm, cha Gioan làm phó xứ cho cha Balley, ngài cố gắng thăng tiến trên đường nhân đức và chu toàn các bổn phận của mình một cách kỹ càng chu đáo. Cha chính, cha phó hịa thuận yêu thương nhau, ở với nhau một nhà, ăm một mâm, đọc kinh Nhật Tụng với nhau, siêng năng chầu Mình Thánh như nhau. Cha Gioan yêu mến cha Balley như con yêu cha, học trò yêu thầy. Quả thật, cha Balley là một vị thánh, là gưỡng mẫu của mọi nhân đức, cha làm lễ nghiêm trang sốt sắng như một thiên thần. Chỉ cần thấy cha quì nghiêm trang, nhìn say đắm
vào nhà tạm lâu giờ, ai ai cũng sinh lòng yêu mến Chúa. Cha hiền lành, khiêm nhường, chăm chỉ thi hành bổn phận của mình mà khơng hề tiếc cơng, tiếc sức. Khi có tiền, cha bố thí cho người nghèo; cha chỉ ăn ngày có một bữa mà lại ăn kham khổ, chẳng mấy khi cha ăn thịt cá nên thân xác còm cõi, mặt mày hốc hác. Khi cha Gioan đã già, ngài kể chuyện cha Balley hãm mình như sau:
- Thỉnh thoảng nhà bếp dọn thịt cho chúng tôi ăn nhưng cha Balley không ăn miếng nào. Tôi thấy ngài khơng ăn thì cũng chẳng dám ăn. Nhà bếp bưng đi bưng lại, bưng ra bưng vào cũng một đĩa thịt ba bốn ngày khơng thấy chúng tơi ăn thì khơng dọn thịt nữa. Những đồ ăn khác cũng vậy, ngài chỉ ăn qua quít một hai củ khoai, một chút canh. Ơi! Tiếc thay tơi khơng được ở với ngài lâu năm, vì ngài chết sớm. Nếu tôi được ở với ngài lâu thì tơi đã nên khôn ngoan và bắt chước được nhân đức của ngài một ít rồi.
Cha Gioan nói rất thật khơng thêm bớt. Vì cha đã cố gắng bắt chước cha Balley trong mọi sự, mà học trị cũng khơng kém thầy. Cha Gioan cố gắng đi đàng nhân đức, ăn chay hãm mình, phạt xác, tính tình hiền lành, khiêm nhượng hòa nhã, thương yêu mọi người nhất là người nghèo hèn hạ. Khi có đồng nào cha bố thí hết cho người nghèo. Ngài chỉ có một cái áo chùng thâm và mặc mãi cho đến khi cũ rách q khơng mặc được nữa thì ngài mới chịu sắm áo khác.
Có một lần cha Balley thấy ngài mặc áo đã bạc màu thì bảo cha Gioan phải sắm áo khác sạch sẽ, xứng đáng với danh phận linh mục thì ngài vâng lời ngay và đưa tiền cho thợ may áo mới. Sau đó hai ngày, có một người mà gia đình trước kia sang trọng giàu có lắm, nay phải sa cơ thất thế, tán gia bại sản, đến xin ngài giúp đỡ. Cha đến nhà thợ may lấy lại tiền đã giao hôm trước-cũng may mà người thợ chưa tiêu--để giúp cho người đang gặp khó khăn ấy. Cha chu tồn bổn phận của mình cách sốt sắng mau mắn; người ta muốn xưng tội lúc nào, cha giải tội lúc ấy. Bất kể giờ nào có người đến đón ngài đi xức dầu kẻ liệt, dù ban ngày hay ban đêm, dù mưa gió, nắng nơi hay giá rét, cha đi ngay mà không hề chần chừ. Nghe cha khuyên bảo kẻ liệt về phúc thiên đàng, ai nấy đều cảm động muốn chết ngay, muốn từ bỏ mọi sự thế gian này để được lên thiên đàng.