II. Những mâu thuẫn phát sinh trong quá trình thực hiện quản lý và tổ chức
3. Về quản lý sử dụng hoá đơn, chứng từ
Cùng với việc đa vào, triển khai luật thuế GTGT thì hoá đơn GTGT cũng đợc đa vào sử dụng. Theo quy định hiện hành thì việc in ấn, phát hành, quản lý quá trình sử dụng hoá đơn GTGT. Đó là, đã xuất hiện trên thị trờng loại hoá đơn giả, loại hoá đơn thật nhng nội dung giả, nhiều tình trạng mua bán hoá đơn, tẩy xoá hoá đơn, ghi chép trên hoá đơn sai thực tế ... tất cả đều nhằm mục đích trốn thuế, gian lận số thuế phải nộp qua việc khấu trừ thuế đầu vào và công khai lấy khống tiền Ngân sách Nhà nớc qua việc hoàn thuế GTGT đầu vào...Vấn đề đáng quan tâm nữa là, luật thuế GTGT vừa thông thoáng và tạo sự chủ động cho doanh nghiệp bao nhiêu thì quy định về sử dụng hoá đơn, chứng từ càng trói buộc doanh nghiệp bấy nhiêu. Bởi công tác quản lý sử dụng hoá đơn chỉ mới coi trọng một vế - là các cơ quan quản lý Nhà nớc (trực tiếp là cơ quan thuế), mà cha chuyển kịp theo nguyên tắc đã quán triệt trong nội dung của luật thuế GTGT là đề cao trách nhiệm và quyền lợi của doanh nghiệp trong quản lý, sử dụng, hoá đơn, chứng từ. Trên thực tế thì Tổng cục thuế đã vận dụng nguyên tắc đề cao trách nhiệm và quyền chủ động của doanh nghiệp trong quản lý sử dụng hoá đơn đã cho phép một số ít doanh nghiệp đăng ký sử dụng hoá đơn tự in, tự phát hành, tự quản lý sử dụng. Việc quản lý sử dụng hoá đơn ở các đối tợng này rất chặt chẽ và hiếm xảy ra sai phạm.
“Hớng hoàn thiện đối với vấn đề hoá đơn GTGT là nhanh chóng nhân rộng cơ chế doanh nghiệp sử dụng hoá đơn tự in để trao lại trách nhiệm và quyền quản lý chủ yếu đối với hoá đơn GTGT cho doanh nghiệp; các cơ quan quản lý Nhà nớc (trực tiếp là cơ quan thuế) chỉ nhận trách nhiệm cho phép doanh nghiệp phát hành hoá đơn theo mẫu đăng ký và thực hiện công tác giám sát, kiểm tra quá trình quản lý, sử dụng hoá đơn của doanh nghiệp. Đồng thời cơ quan thuế chỉ phát hành số ít hoá đơn GTGT cho các hộ kinh doanh cha có điều kiện tự in hoá đơn. Bên cạnh đó, Tổng cục thuế cần nhanh chóng hoàn thiện và đa chơng trình quản lý, đối chiếu hoá đơn, chứng từ qua mạng vi tính với yêu cầu là: Mọi phát sinh chi tiết (đầu ra, đầu vào) của đối tợng nộp thuế phải đợc nhập vào mạng, từ đó có các cơ quan quản lý NN, nhất là cơ quan thuế sử dụng để đối chiếu trên máy, phát hiện ngay các mâu thuẫn giữa đầu vào, đầu ra của đơn vị có liên quan.”.