Hiện nay, việc xác định chi phí hợp lý để tính thuế thu nhập doanh nghiệp đang gây khó khăn và làm tốn rất nhiều thời gian của doanh nghiệp.
Theo các quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, các doanh nghiệp được đưa vào 14 loại chi phí để xác định thu nhập doanh nghiệp. Tuy nhiên, khi doanh nghiệp thực hiện quyết tốn thuế đã gặp khó khăn vì phải đảm bảo tính hợp lý của các khoản chi phí.
Hiện nay, Nhà nước khống chế chi phí quảng cáo, tiếp thị ... của các doanh nghiệp là 10% của tổng chi phí hợp lý của Thơng tư 128, điều này đã gây hạn chế cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa. Bởi vì, với 10% tổng chi phí của các doanh nghiệp lớn sẽ lớn hơn nhiều 10% tổng chi phí của các doanh nghiệp vừa và nhỏ. Trong khi đó, chi phí quảng cáo lại rất cao, nhất là đối với các doanh nghiệp mới thành lập hoặc các doanh nghiệp thuộc lĩnh vực cung cấp dịch vụ, trong những năm đầu có thể lên tới 30% tổng chi phí. các doanh nghiệp nhỏ và vừa không thể cạnh tranh nổi với 10% tổng chi phí của mình. Do đó, phần lớn các chương trình quảng cáo trên các phương tiện truyền thơng đại chúng chỉ thấy xuất hiện tồn các cơng ty lớn.
Việc khống chế các khoản chi phí ưu đãi cho người lao động như: chi phí nhân cơng, chi phí cho lao động nữ, cơng tác phí ... là bất hợp lý. Chẳng hạn:
Một doanh nghiệp thuê nhân công làm việc với mức lương 70.000 đồng/ngày (khoảng 2.100.000 đồng/tháng), nhưng khi kê khai thuế thì cơ quan thuế chỉ cho phép xác định chi phí tiền lương hợp lý là 700.000 đồng/tháng, phần chênh lệch còn lại doanh nghiệp phải chịu thuế. Trong khi quy định hiện hành nêu rõ doanh nghiệp không phải là doanh nghiệp Nhà nước thì được khấu trừ chi phí tiền lương căn cứ theo hợp đồng lao động, ngồi ra khơng căn cứ theo bất kỳ điều kiện nào khác đối với khoản khấu trừ tiền lương.
Thông tư 128 không đưa ra bất kỳ điều kiện nào cho doanh nghiệp về việc khấu trừ đối với các chi phí về cơng tác phí, tiền lưu trú ... nhưng khi thực hiện quyết toán thuế lại chỉ chấp nhận cho doanh nghiệp được đưa vào chi phí khốn nằm trong định mức cơng tác phí do Nhà nước quy định. Những phần vượt q mức này khơng được xem là chi phí hợp lý để khấu trừ.
Quy định của Luật hiện nay chỉ cho phép doanh nghiệp được khấu trừ khoản chi phí trang phục cho người lao động khơng q mức 500.000 đồng, chi hỗ trợ cho hỗ trợ cho lao động nữ sinh con lần thứ nhất hoặc lần thứ hai không q 500.000 đồng, nhưng lại khơng có hướng dẫn cụ thể. Nếu vượt quá mức này thì doanh nghiệp khơng được tính là chi phí hợp lý.