a. Yếu kém về cơ cấu tổ chức quản lý
Trong nhiều năm qua, tổ chức của ngành hàng không ổn định (từ năm 1990 đã 4 lần thay đổi về tổ chức trên quy mô toàn ngành), gây nên sự xáo trộn không cần thiết, gây trở ngại cho hoạt động sản xuất kinh doanh. Do đó, việc sắp xếp mô hình tổ chức và xây dựng chiến lược phát triển củaVietnam Airlines gặp rất nhiề khó khăn. Hơn nữa, Vietnam Airlines mới chính thức đi vào hoạt động từ tháng 05/1996, mô hình mới chưa được áp dụng và vận hành đầy đủ.
b. Hiệu quả sử dụng năng lực sản xuất, vật tư, tiền vốn còn nhiều hạn chế.
Khả năng huy động vốn kém, hiệu quả sử dụng vốn thấp, chưa tận dụng các nguồn thu, chưa chú trọng đúng mức đến ngiảm chi phí khai thác là một trong những tồn tại chính của Vietnam Airlines. Quan hệ giữa các đơn vị thanh viên còn lỏng lẻo, chưa phát huy được sức mạnh tập thể cũng là một trong những nguyên nhân dẫn tới yếu kém này. Hơn nữa, quá trình tách nhập, thay đổi tổ chức nhiều lần càng làm phân tán nguồn vốn đã vốn nhỏ bé của Tổng công ty Hàng không Việt Nam. Chính vì vậy, Tổng công ty đã không tập trung được nguồn lực đầu tư vào các tài sản có tính chiến lược dài hạn là đội máy bay nên năng lực sản xuất kinh doanh còn nhiều hạn chế.
c. Đội máy bay còn quá ít so với yêu cầu:
Trong hoạt động vận tải hàng không, có thể nói đội máy bay là lực lượng quan trọng bậc nhất để phát triển năng lực vận tải nhưng cho đến nay đội máy bay của Tổng công ty bao gồm cả sở hữu và đi thuê mới chỉ có 23 chiếc với năng lực vận tải còn yếu. Đội máy bay sở hữu của Tổng công ty chiếm tỷ trọng rất nhỏ. Đội ngũ những người trực tiếp bảo đảm kỹ thuật và bảo dưỡng máy bay cũng như đội ngũ người lái chưa đáp ứng được đầy đủ yêu cầu vận hành máy móc đặt ra.
d. Năng lực cạnh tranh yếu kém.
Mặc dù hiện nay, Vietnam Airlines đã xây dựng được một mạng đường bay trong nước và quốc tế tương đối rộng nhưng vẫn chưa tận dụng được hết khả năng khai thác. Việc khai thác không ổ định do nhiều lý do khách quan cũng như chủ quan đã làm giảm đi rất nhiều năng lực cạnh tranh của Vietnam Airlines. Chất lượng dịch vụ tuy đã được cải thiện và nâng cao nhưng vẫn còn ở mức trung bình. Với năng lực chuyên chở 2,5 triệu lượt khách, đạt sản lượng gần 4 tỷ hành khách /km, 40 nghìn tấn hàng hoá chuyên chở như hiện nay, Vietnam Airlines bị xếp cuối trong bảng xếp hạng của Hiệp hội các hãng hàng không châu á - Thái Bình Dương. Với tốc độ phát triển dự kiến khoảng 10% liên tục trong những năm tới, Vietnam Airlines phải mất 16 năm để đạt qui mô về số khách (12 triệu hành khách), mất 28 năm để đạt qui mô về sản lượng (54 tỷ hành khách/km) như Singapore Airlines như hiện nay.
e. Chất lượng đội ngũ cán bộ chưa đáp ứng được nhu cầu
Tổng công ty hiện đang thiếu những chuyên gia đầu ngành về các lĩnh vực, thiếu đội ngũ cán bộ quản lý, người lái và kỹ thuật máy bay. Số lượng cán bộ tuy đông nhưng số cán bộ có khả năng làm việc thực thụ, có tác phong làm việc đáp ứng yêu cầu của một ngành khoa học kỹ thuật hiện đại không nhiều. Bên cạnh đó, chính sách tiền lương, phân phối thu nhập chưa thực sự trở thành đòn bẩy, chưa tương xứng với quan hệ và năng suất của người lao động. Chính sách lao động chưa thu hút được nguồn nhân lực có chất lượng cao trong xã hội.
f. Hệ thống kênh phân phối còn nhiều bất cập
Hạn chế lớn nhất của hệ thống kênh phân phối là tính kết nối với các hệ thống phân phối toàn cầu còn kém. Vì vậy việc truy nhập và quản lý thông tin còn hạn chế, chưa triển khai được việc bán vé qua mạng Internet.
Mạng đại lý trong nước phát triển quá nhanh nên xảy ra các hiện tượng các đại lý lấn vùng của nhau, cạnh tranh không lành mạnh bằng cách giảm giá, tăng cường chiết giá làm cho khách hàng không tin tưởng về chính sách của Vietnam Airlines.
Quy trình tuyển chọn đại lý còn qua loa, các tiêu chí lựa chọn chưa rõ ràng. Vì thế nhiều đại lý không còn những hoạt động kém hiệu qủa mà còn là tác nhân gây ra những rủi ro cho hoạt động kinh doanh của hãng. Ví dụ nhiều đại lý 27
cố tình thanh toán chậm, có đại lý kinh doanh thua lỗ để lại cho hãng số nợ không nhỏ. Nhiều đại lý do khó khăn về tài chính nên đầu tư cho cơ sở vật chất còn nhiều hạn chế. Đội ngũ nhân viên của hầu hết các đại lý còn yếu kém về mặt nghiệp vụ dẫn đến các hiện tượng ghi vé sai, tính nhầm giá cước.