2.5 Thực nghiệm và kết quả
2.5.1 Thời gian tính tốn
Luận án thực hiện đánh giá thời gian chạy trên bộ dữ liệu thực (với các thơng số tóm tắt trong Bảng 2.1) được thu thập từ cơ sở dữ liệu trực tuyến TreeBASE [73] bởi Nguyen và cộng sự [59].
Bảng 2.1. Thông tin bộ dữ liệu thực từ TreeBASE.
Thông số Loại dữ liệu
DNA protein
Số sắp hàng 70 45
Số taxa 201-767 (trung vị: 233) 50-194 (trung vị: 78) Số vị trí sắp hàng 976-61199 (trung vị: 3328.5) 126-22426 (trung vị: 696)
Theo đó, tác giả tải về từ TreeBASE các sắp hàng đa chuỗi thỏa mãn ba tiêu chí
sau: (1) sắp hàng DNA phải có từ 200 đến 800 chuỗi, sắp hàng protein phải có từ 50
đến 600 chuỗi; (2) số vị trí của sắp hàng DNA không nhỏ hơn 4 lần số chuỗi của nó,
trạng thái khơng xác định/vị trí trống khơng vượt quá 70% tổng số vị trí của sắp hàng.
Sau đó, tác giả lọc bỏ các chuỗi trùng lặp để đảm bảo mỗi sắp hàng chỉ chứa các chuỗi
phân biệt. Bộ dữ liệu thu được có 70 sắp hàng DNA và 45 sắp hàng protein.
Các dòng lệnh được sử dụng để thực hiện các phương pháp bootstrap được cung cấp trong Bảng P1 (phần Phụ lục).
Hình 2.5, Hình 2.6, Hình 2.7 phác họa phân bố của tỉ lệ thời gian chạy giữa SBS / RBS / UFBoot và UFBoot2 / UFBoot2+NNI. Hàm time() kí hiệu cho thời gian thực thi của từng phương pháp.
Hình 2.5. Phân bố của tỉ lệ thời gian chạy giữa SBS và UFBoot2 (trái) và giữa SBS và UFBoot2 + NNI (phải) trên 115 sắp hàng TreeBASE.
UFBoot2 nhanh hơn trung bình 2.4 lần (tối đa: 77.3) so với phiên bản UFBoot 0.9.6 (xem Hình 2.7 trái). UFBoot2 và UFBoot2+NNI cho tăng tốc 778 lần (trung vị; miền tỉ lệ: 200-1848) và 424 lần (miền tỉ lệ: 233-749) so với SBS. So với RBS,
UFBoot2 và UFBoot2+NNI cho tăng tốc 8.4 lần (trung vị; miền tỉ lệ: 1.5-51.2) và 5.0
lần (miền tỉ lệ: 0.8-32.6). Vì vậy, UFBoot2+NNI chậm hơn hai lần (trung vị) so với UFBoot2.
Hình 2.7. Phân bố của tỉ lệ thời gian chạy giữa UFBoot gốc và UFBoot2 (trái) và giữa UFBoot gốc và UFBoot2 + NNI (phải) trên 115 sắp hàng TreeBASE.