Để sản xuất chitosan có phân tử lượng thấp có thể sử dụng phương pháp sinh học hoặc hoá học. Có hơn 30 loại enzyme có thể được sử dụng để cắt mạch chitosan. Tuy vậy phương pháp này vẫn còn những hạn chế khi sản xuất ở quy mô lớn [25]. Chitosan có trọng lượng phân tử thấp đạt được bằng việc depolymer bởi enzyme đã được nghiên cứu bởi Nagasawa và cộng sự [45]. Acid hydrochloric đã được dùng để thuỷ phân chitosan [38] và sau đó những lỗ lực khác trong việc sử dụng acid nitrous, acetic acid, acid sulfuric và acid hydrofluoric [30], [38], [50], [59] để cắt mạch chitosan cũng đã được tiến hành. Các tác giả Allan, Chang, Tanioka, và cộng sự, 1995 [23], [27], đã sản xuất thành công chitosan có trọng lượng phân tử thấp bằng việc cắt mạch bởi các tác nhân oxy hóa như ozone, Natri nitrite và hydroperoxit.
Nghiên cứu về ảnh hưởng của nhiệt độ và thời gian phản ứng đến trọng lượng phân tử của chitosan khi cắt mạch bằng acid phosphoric cho thấy quá trình thuỷ phân chitosan trong 85% acid phosphoric là hàm số phụ thuộc vào nhiệt độ và thời gian phản ứng. Theo zhishen Jia and Dongfeng Shen (2002) đã nghiên cứu thì trọng lượng phân tử của chitosan là 20,0×104 – 1,90×104 có thể đạt được bằng việc sử dụng acid phosphoric 85% ở 60°C trong 1–15 giờ. Cả độ nhớt và trọng lượng phân tử của chitosan đều giảm rất nhanh khi được gia nhiệt. Độ nhớt của chitosan giảm từ 323 tới 69,0 ml/g sau 8h thủy phân ở 40°C, tương ứng với trọng lượng phân tử giảm từ 21,4×104 to 3,70×104. Khi thủy phân ở 80°C độ nhớt và trọng lượng phân tử đạt được 40,9 ml/g và 2,00×104 Khả năng hoà tan trong nước của chitosan tăng cùng với việc giảm trọng lượng phân tử chitosan [63]
C. Q. Qin và cộng sự, 2002 [24] đã nghiên cứu ảnh hưởng của việc xử lý chitosan bằng hydroperoxit đến trọng lượng phân tử và cấu trúc của chitosan. Kết quả cho thấy trọng lượng phân tử giảm khi nhiệt độ, thời gian và nồng độ hydroperoxit tăng. Sự hoà tan của chitosan xảy ra trong một lượng tối thiểu (pH 5,5) sẽ làm tăng quá trình cắt mạch và khi sử dụng hydroperoxit với nồng độ quá cao sẽ ức chế quá trình này. Tác giả còn cho biết không có sự thay đổi có ý nghĩa về bộ khung của chitosan với trọng lượng 51×103.
Đã có một số báo cáo về cơ chế cắt mạch của chitosan bởi hydroperoxit. Những nghiên cứu của Chang và cộng sự, 2001 [27], Tanioka và cộng sự, 1996 [55],[56] đã giải thích rằng cắt mạch chủ yếu gây ra bởi những phản ứng có tính triệt để. Những ion kim loại đã xúc tiến quá trình cắt mạch của hydroperoxit.
Feng Tian và cộng sự, 2004 [30] cho rằng chitosan với độ deacetyl càng lớn thì quá trình cắt mạch bằng hydroperoxit xảy ra càng dễ. Khi tăng nhiệt độ thì tốc độ cắt mạch cũng tăng lên. Sản phẩm chitosan có trọng lượng phân tử thấp đạt được ở chế độ nhiệt độ < 400C theo phương pháp kết tủa bằng ethanol là rất trắng. Tuy nhiên khi tăng nhiệt độ quá 700C thì màu của sản phẩm trở nên tối khi chitosan được giữ trong không khí. Tác giả đã đề xuất rằng không nên cắt mạch bằng hydroperoxit ở chế độ nhiệt độ cao mà chỉ nên sử dụng trong khoảng nhiệt độ 40-
600C. Trọng lượng phân tử của chitosan giảm dần khi tăng nồng độ hydroperoxit. Trong cùng một điều kiện khi tăng nồng độ hydroperoxit thì chitosan có trọng lượng phân tử thấp được tạo ra càng nhiều. Họ cũng kết luận rằng nồng độ của hydroperoxit có ảnh hưởng đến tốc độ và hiệu suất thu hồi các loại chitosan (hoà tan trong nước và không hoà tan trong nước).
Hydroperoxit đã được sử dụng để xử lý chitosan bởi vì những tiện lợi của nó như dễ thao tác, rẻ tiền và thân thiện với môi trường [27]. Kỹ thuật này dựa vào sự hình thành các gốc từ do có khả năng tấn công vào liên kết β - D - (1 → 4) glucoside của chitosan. Tuy nhiên, sự hình thành các gốc tự do là không có hiệu quả khi hydroperoxit được sử dụng một mình. Thông thường, việc oxi hoá chitosan bằng hydroperoxit xảy ra trong pha đồng nhất như trong môi trường của dung dịch acid acetic. Tuy vậy quá trình này cũng có thể được thực hiện trong pha không đồng nhất [50]. Như vậy, tránh được việc sử dụng acid acetic và hơn nữa làm cho quá trình kết tủa được thuận tiện hơn. Kết quả thí nghiệm cũng cho thấy chitosan có thể được cắt mạch hiệu quả với hydroperoxit trong điều kiện có acid phosphotungstic.
Trần Thị Luyến và cộng sự, 2006 đã nghiên cứu sản xuất oligosaccharide bằng HCl. Kết quả nghiên cứu cho thấy, sản phẩm có màu sắc trắng, đẹp và chất lượng tốt. Cũng trong năm 2006 Trần Thị Luyến và cộng sự các nghiên cứu sản xuất oligosaccharide có nguồn gốc từ chitin, chitosan bằng enzyme papain, hemicellulose, và enzyme cellulase từ xạ khuẩn. Theo tác giả khi dùng enzyme papain chiết rút từ đu đủ xanh, kết quả thu được 95% COS từ Chitosan và 97% COS khi dùng enzyme thương phẩm. 88,9% COS từ Chitosan và 86,7% COS từ chitin thu được khi dùng enzyme hemicellulose thương phẩm. Từ Chitosan thu được 52,6% COS và từ chitin thu được 45,6% COS khi dùng enzyme cellulase từ xạ khuẩn [18]. Nghiên cứu này đã có những thành công nhất định trong việc thu nhận các oligosaccharide có các tính chất riêng biệt so với phương pháp hoá học.