Sau khi được đổi tờn thành Ngõn hàng Nụng nghiệp và Phỏt triển Nụng thụn Việt Nam, ngày 15/11/1996.
Trong năm 1998, NHNo&PTNT VN đó tập trung nõng cao chất lượng tớn dụng, xử lý nợ tồn đọng cũ và quản lý chặt chẽ hơn cụng tỏc thẩm định, xột duyệt cỏc khoản cho vay mới, tiến hành cỏc biện phỏp phự hợp để giảm nợ quỏ hạn.
Năm 1999, Chớnh phủ Việt Nam đặt biệt quan tõm và tập trung đầu tư phỏt triển nụng nghiệp nụng thụn. Đẩy mạnh huy động vốn trong và ngũai nước, chỳ trọng tiếp nhận thực hiện tốt cỏc dự ỏn nước ngũai ủy thỏc, cho vay cỏc chương trỡnh dự ỏn hiệu quảđồng thời mở rộng cho vay hộ sản xuất hợp tỏc sản xuất được coi là những biện phỏp chỳ trọng của Ngõn hàng Nụng nghiệp kế họach tăng trưởng.
Thỏng 02 năm 1999, Chủ tịch Hội đồng quản trị ban hành Quyết định số
234/HĐQT-08 về quy định quản lý điều hành hoạt động kinh doanh ngoại hối trong hệ thống NHNo&PTNT VN dựa trờn tài khoản NOSTRO tập trung về Sở giao dịch. NHNo&PTNT VN tớch cực mở rộng quan hệ quốc tế và kinh doanh đối ngoại, nhận
được sự tài trợ của cỏc tổ chức tài chớnh tớn dụng quốc tế như WB, ADB, IFAD,… Năm 2001 là năm đầu tiờn NHNo triển khai thực hiện đề ỏn tỏi cơ cấu với nội dung chớnh sỏch là cơ cấu lại nợ, lành mạnh húa tài chớnh, nõng cao chất lượng tài sản cú, chuyển đối hệ thống kế toỏn hiện hành theo chuẩn mực quốc tế đổi mới sắp xếp lại bộ mỏy tổ chức theo mụ hỡnh NHTM hiện đại tăng cường đào tạo và đào tạo lại cỏn bộ tập trung đổi mới cụng nghệ ngõn hàng, xõy dựng hệ thống thụng tin quản lý hiện đại.
Năm 2003, NHNo&PTNT Việt Nam đó đẩy nhanh tiến độ thực hiện đề ỏn tỏi cơ cấu nhằm đưa hoạt động của NHNo&PTNT VN phỏt triển với qui mụ lớn, chất lượng cao. Chủ tịch nước CHXHCNVN đó ký Quyết định số: 266/2003/QĐ/CT
ngày 07/05/2003 phong tặng danh hiệu Anh hựng lao động thời kỳ đổi mới cho NHNo&PTNT Việt Nam.
Năm 2007, NHNo&PTNT VN được UNDP xếp hạng thứ nhất trong TOP 200 doanh nghiệp lớn nhất Việt Nam.