lực học phân tử là: Các toạ độ bên trong đươc cố định (Khoảng cách, góc, độ xoắn) và vị trí các ngun tử riêng rẽ được cố định.
2.1.4. Tìm trạng thái chuyển
Khi một cấu trúc phân tử hoặc tinh thể được xây dựng, chúng ta phải tìm ra dạng hình học ổn định, được hiểu là sự tối ưu hình học. Dmol3 thực thi chương trình lặp trong đó toạ độ của các nguyên tử thoả mãn sao cho năng lượng cấu trúc tiến tới một điểm tĩnh (dừng) đó là điểm mà các lực tác dụng lên các nguyên tử bằng không. Trạng thái chuyển là một điểm dừng mà năng lượng là lớn nhất theo một hướng (Hướng của toạ độ tương tác) và một năng lượng nhỏ nhất theo tồn bộ các hướng cịn lại.
Dmol3 đưa ra hai cách khác nhau để tìm ra trạng thái chuyển.
- Tối ưu trạng thái chuyển: Khi sử dụng TS Optimization, Dmol3 sẽ bắt đầu với một dự đoán hợp lý cho trạng thái chuyển và thực thi tìm kiếm thế năng bề mặt. Điều này tương tự như tối ưu năng lượng nhưng thay vào đó là tìm năng lượng lớn nhất theo một chế độ thơng thường. Bởi vì phương thức này cho phép một trong những vectơ sóng Hessian tiến đến một năng lượng lớn nhất (gọi là EF). Chú ý rằng, bạn phải có một Hessian kết hợp với mơ hình để thực thi tối ưu trạng thái chuyển. Trước khi tiến trình chạy, ta tạo Hessian bằng cách yêu cầu một frequency.
- Tìm trạng thái chuyển bằng phương pháp chuyển tiếp đồng bộ: Bắt đầu từ chất phản ứng và sản phẩm, phương pháp đồng bộ sẽ nội suy để tìm ra trạng thái chuyển. Phương pháp này luân phiên tìm kiếm một năng lượng lớn nhất với rằng buộc tối ưu hóa để xác định trạng thái chuyển ở mức độ cao.
Cuối cùng khi tính tốn trạng thái chuyển thành cơng, bạn sẽ có một điểm dừng. Rất khó để chứng minh điểm tĩnh đó thực sự tương ứng với trạng thái chuyển. Để làm việc này, bạn phải thực thi một vibrational analysis. Một trạng thái chuyển đúng sẽ có tần số dao động ảo tương ứng với tọa độ phản ứng; toàn bộ các giá trị riêng khác sẽ là thực. Một cấu trúc với hai hoặc nhiều hơn các tần số ảo không phải là trạng thái chuyển đúng.
2.2. Cài đặt tính tốn với DMol3
2.2.1. Cài đặt các chức năng Electronic Electronic
Các chức năng điện tử điều dữ liệu bằng cách chương trình DMol3 giải phương trình SCF (Trường tự hợp). Các bước tiến hành cài đặt:
- Chọn Modules | DMol3 | Calculation trên thanh công cụ. - Chọn Electronic tab.
- Click chuột vào More . . . Sau đó DMol3 Electronic Options sẽ
hiển thị. Trên bảng này sẽ cho phép thay đổi các tham số điện tử như: Integration accuracy, SCF tolerance, k-points, Core treatment, Real space cutoff, Harris approximation. . .
2.2.2. Cài đặt k - points
Cài đặt này xác định độ chính xác mẫu vùng Brillouin. Monkhorst-Pack k-points được đặc trưng bởi sự phân chia không gian đảo và bởi một dịch chuyển gốc tùy ý. Chất lượng của k - points có thể được xác định bằng khoảng cách giữa các điểm trong không gian đảo.