STT Tên mồi
Trình tự mồi
Mồi xi (5’→3’) Mồi ngƣợc (5’→3’) Mồi sử dụng trong phân tích đa hình vùng promoter của gen OsHKT1;4
1 Pro-HKT1;4 CAGCTGATCGGATGG TTGAG
GAGCAACAAAATAGGC CACGC
Mồi sử dụng trong phân tích đa hình vùng mã hóa của gen OsHKT1;4
2 HKT1;4-2 (exon 2) CCCAAGGGTGACTTTC TGATCG GTATCAGTTTGCCAGA GTCGC 3 HKT1;4-3 (exon 3) TCACAACTCTCCTACC TGACC GAGCTTTGTGCAAGGA TGACAG
Mồi sử dụng trong phân tích RT-PCR
4 ACT [93] CTGATGGACAGGTTAT CACC CAGGTAGCAATAGGTA TTACAG 5 RT-HKT1;4 CGACGTGGTTCCCATT TGAAG ATATGCACTGACAACTT CGACA
2.1.3. Thiết bị
Các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu thuộc phịng thí nghiệm Di truyền, Bộ mơn Di truyền học, Trƣờng Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học Quốc gia Hà nội: Bể ổn nhiệt; máy ly tâm Mikro 22R Hettich; máy PCR 9700 / Kyratex; bể điện di Bio rad…
2.2. Nhóm phƣơng pháp sử dụng trong phân tích đa hình gen 2.2.1. Tách chiết DNA tổng số 2.2.1. Tách chiết DNA tổng số
Cây lúa trồng trong đất khoảng 2 - 3 tuần thì tiến hành thu mẫu lá. Mẫu lá lúa đƣợc nghiền bằng máy nghiền mẫu Mixer mill (Retsch, CHLB Đức), trong nitơ lỏng. DNA tổng số (gDNA) từ mẫu lá lúa đƣợc tách chiết theo phƣơng pháp CTAB: Cân 50mg mẫu lá đã nghiền trong ống eppendorf (epp) và bổ sung thêm 500
µl đệm CTAB, votex đều hỗn hợp. Sau đó ủ mẫu ở 65oC trong khoảng 15 phút. Ống
mẫu đƣợc lấy ra để nguội về nhiệt độ phòng, rồi bổ sung 500 µl Chloroform /
isoamylacohol (tỷ lệ 24 : 1), votex. Ly tâm ống ở 10 000 vòng / phút, 10 phút, 4oC.
Thu dung dịch bên trên (pha trong) và chuyển sang ống epp mới. Bổ sung 300 µl isopropanol vào mỗi ống và để ở nhiệt độ lạnh khoảng 10 phút. Ly tâm ống 14 000 vòng / phút, 5 phút, 4oC. Đổ bỏ pha trên, thu DNA tủa trắng dƣới đáy ống và rửa tủa
bằng 500 µl EtOH 70 %. Ly tâm thu lại tủa ở 14 000 vòng / phút, 5 phút, 4oC. Để
tủa DNA khô tự nhiên trong tủ hút trong khoảng 60 phút, sau đó hịa tan tủa DNA trong đệm TE và bảo quản ở - 20oC.
DNA sau khi tách chiết đƣợc kiểm tra nồng độ và chất lƣợng bằng cách điện di trên gel agarose 1 % và đo tỷ lệ OD bằng máy Nanodrop Spectrophotometer (Nanodrop Technologies, Mỹ).
2.2.2. PCR khuếch đại vùng gen
Thành phần phản ứng và quy trình nhiệt của phản ứng PCR đƣợc trình bày ở