1.1 .Tiềm năng nguồn gen lúa địa phương Việt Nam
3.1. Xác định alen chống chịu mặn, hạn bằng chỉ thị phân tử
3.1.2. Xác định alen chống chịu mặn
ADN tổng số của 200 giống lúa nghiên cứu và 2 giống đối chứng (Pokkali và IR28) được pha loãng xuống nồng độ 5 ng/µl để tiến hành thực hiện phản ứng PCR với 5 chỉ thị SSR liên kết với QTL chống chịu mặn (Bảng 2.2) theo phương pháp 2.2.2.
Hình 3.2. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR của một số giống lúa nghiên cứu bằng chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu mặn RM 8094
Ghi chú: Kháng mặn: giống Pokkali Nhiễm mặn: giống IR28
Băng ADN của các giống được ghi chú theo số đăng kí (phụ lục 1)
Hình 3.3. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR của một số giống lúa nghiên cứu bằng chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu mặn RM 3412
Ghi chú: Kháng mặn: giống Pokkali Nhiễm mặn: giống IR28
Hình 3.4. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR của một số giống lúa nghiên cứu bằng chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu mặn RM 223
Ghi chú: Kháng mặn: giống Pokkali Nhiễm mặn: giống IR28
Băng ADN của các giống được ghi chú theo số đăng kí (phụ lục 1)
Hình 3.5. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR của một số giống lúa nghiên cứu bằng chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu mặn RM 10745
Ghi chú: Kháng mặn: giống Pokkali Nhiễm mặn: giống IR28
Băng ADN của các giống được ghi chú theo số đăng kí (phụ lục 1)
Hình 3.6. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR của một số giống lúa nghiên cứu bằng chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu mặn RM 206
Hình 3.7. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu mặn
Hình 3.8. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu mặn (Tiếp)
Hình 3.9. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu mặn (Tiếp)
Hình 3.10. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu mặn (Tiếp)
Hình 3.11. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu mặn (Tiếp)
Dựa vào kết quả so sánh alen của các giống nghiên cứu với giống đối chứng (Hình 3.7; 3.8; 3.9; 3.10; 3.11), đề tài đã tổng hợp được các giống có xuất hiện băng alen có chiều dài bằng với đối chứng chuẩn kháng Pokkali nhiều nhất tại 4/5 locut là Nếp nõn tre (SĐK 6196), tiếp đó là các giống Dự nghểu Hịa Bình (SĐK 88), Nếp chuối Hịa Bình (SĐK 430), Nếp ré (SĐK 1062), Tai sac (SĐK 1085), Lốc nước (SĐK 2455), Nếp râu (SĐK 5129), Nếp ốc (SĐK 6192), Masurrrin (SĐK 6211), chiêm đá (SĐK 7050) với 3/5 locut xuất hiện alen có chiều dài bằng giống chuẩn kháng. Bên cạnh đó, các giống Nước mặn dạng 1 (SĐK 3470), Ngoi tía (SĐK 6203), Lúa ngoi (SĐK 6224) mặc dù có 3/5 locut xuất hiện alen có kích thước bằng Pokkali nhưng lại xuất hiện alen có kích thước bằng IR28 tại 1 đến 2 locut cịn lại.
Hình 3.12. Đồ thị biểu diễn tỉ lệ % xuất hiện các dạng alen khác nhau tại các locut liên kết với QTLs chống chịu mặn sử dụng trong nghiên cứu
Ghi chú: ( + ) Xuất hiện alen có kích thước tương đương với đối chứng chuẩn kháng
( - ) Xuất hiện alen có kích thước tương đương với đối chứng chuẩn nhiễm
( * ) Xuất hiện alen có kích thước khác với các đối chứng
Đồng thời, dựa vào đồ thị hình 3.12, nhận thấy tại 5 locut SSR liên kết với QTLs/gen chống chịu mặn, các băng ADN có kích thước khơng bằng giống chuẩn kháng và chuẩn nhiễm nhiều hơn so với các băng ADN có kích thước bằng với các
0 10 20 30 40 50 60 70 80 13 18.5 8.5 20 12.5 15 41 20 33 27.5 72 40.5 71 48 60 + - * %
giống đối chứng. Số giống xuất hiện băng ADN có kích thước bằng Pokkali nhiều nhất là tại locut RM 10745 (20%) và thấp nhất là tại locut RM 8094 (8,5%). Điển hình là tại locut RM 206 và RM 8094 với tỉ lệ alen có kích thước khác với đối chứng lần lượt là 72% và 71%, tiếp đó là tại locut RM 3412 với tỉ lệ là 60%. Trong khi đó, 2 locut RM 223 và RM 10745 có nhiều giống xuất hiện alen có kích thước bằng IR28 nhất (41% và 33%). Đồng thời, tại locut RM10745 còn xuất hiện băng alen dị hợp tử ở 3 giống Nếp cúc (SĐK 2367), Nếp ông lão (SĐK 2369) và Su dạng 1 (SĐK 3416). Điều này đã chứng tỏ các băng ADN xuất hiện tại các locut nghiên cứu là rất đa dạng.