1.1 .Tiềm năng nguồn gen lúa địa phương Việt Nam
3.1. Xác định alen chống chịu mặn, hạn bằng chỉ thị phân tử
3.1.3. Xác định alen chống chịu hạn
Dựa vào các nghiên cứu của Steel và cs. (2006) ; Nguyễn Thị Lang và Bùi Chí Bửu (2008, 2010, 2013); Thanh N.D và cs. (2008), Kanagaraj P. (2010), đề tài đã chọn bộ chỉ thị gồm 5 mồi SSR liên kết với QTLs/gen liên quan đến khả năng chống chịu hạn, tăng kích thước chiều dài rễ hay các tính trạng liên quan đến độ rậm và đâm sâu của rễ, tỉ lệ rễ/chồi, tỉ lệ trọng lượng khô của rễ/ chồi để tiến hành xác định alen chống chịu hạn với phương pháp thực hiện tương tự thí nghiệm xác định alen chống chịu mặn. Kết quả điện di được thể hiện qua hình 3.13; 3.14; 3.15; 3.16; 3.17.
Hình 3.13. Hình ảnh điện di sản phẩn PCR của một số giống lúa nghiên cứu với chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu hạn RM 201
Ghi chú: Kháng hạn: giống WAB880-1-38-18-18-P1-HB Nhiễm hạn: giống IR64
. Hình 3.14. Hình ảnh điện di sản phẩn PCR của một số giống lúa nghiên cứu với
chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu hạn RM 212
Ghi chú: Kháng hạn: giống WAB880-1-38-18-18-P1-HB Nhiễm hạn: giống IR64
Băng ADN của các giống được ghi chú theo số đăng kí (phụ lục 1)
Hình 3.15. Hình ảnh điện di sản phẩn PCR của một số giống lúa nghiên cứu với chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu hạn RM 302
Ghi chú: Kháng hạn: giống WAB880-1-38-18-18-P1-HB Nhiễm hạn: giống IR64
Băng ADN của các giống được ghi chú theo số đăng kí (phụ lục 1)
Hình 3.16. Hình ảnh điện di sản phẩn PCR của một số giống lúa nghiên cứu với chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu hạn RM 3825
Hình 3.17. Hình ảnh điện di sản phẩn PCR của một số giống lúa nghiên cứu với chỉ thị liên kết với QTLs/gen chống chịu hạn RM 242
Ghi chú: Kháng hạn: giống WAB880-1-38-18-18-P1-HB Nhiễm hạn: giống IR64
Băng ADN của các giống được ghi chú theo số đăng kí (phụ lục 1)
Tổng hợp kết quả so sánh các băng ADN của 200 giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng chuẩn kháng WAB880-1-38-18-18-P1-HB (ĐC 3) và chuẩn nhiễm IR 64 (ĐC 4) (Hình 3.18; 3.19; 3.20; 3.21; 3.22), nhận thấy các băng ADN xuất hiện rất đa dạng, khơng có giống nào xuất hiện alen có kích thước trùng với đối chứng kháng và đối chứng nhiễm tại cả 5 locut. Trong đó, các giống xuất hiện alen có kích thước trùng với alen đối chứng chuẩn kháng tại 4/5 locut gồm 5 giống: Dự nghểu Hịa Bình (SĐK 88), Nếp chuối Hịa Bình (SĐK 430), Nếp ré (SĐK 1062), Tai sac (SĐK 1085), Masurrin (SĐK 6211). Đồng thời, 6 giống xuất hiện alen có kích thước bằng alen chuẩn kháng tại 3/5 locut gồm Chiêm nhỡ Bắc Ninh (SĐK 1171), Lốc nước (SĐK 2455), Nếp râu (SĐK 5129), Nếp ốc (SĐK 6192), Nếp nõn tre (SĐK 6192), chiêm đá (SĐK 7050). Riêng Chiêm nhỡ Bắc Ninh (SĐK 1171) xuất hiện alen có kích thước bằng đối chứng nhiễm tại locut RM 201. Ngoài ra, số alen ở mỗi giống trùngvới alen đối chứng nhiễm nhiều nhất là tại 3/5 locut gồm 16 giống như: Tam Lương (SĐK 449), Bầu 1(SĐK 1111), Chanh 20-5 (SĐK 1132), Chiêm nam 2 (SĐK 1168), Chiêm chớ (SĐK1196), Dòng chiêm 3 (SĐK 1211),.v.v.
Hình 3.18. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu hạn
Hình 3.19. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu hạn (Tiếp)
Hình 3.20. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu hạn (Tiếp)
Hình 3.21. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu hạn (Tiếp)
Hình 3.22. Kết quả so sánh kích thước alen của các giống lúa nghiên cứu với giống đối chứng tại 5 locut liên kết với QTLs chống chịu hạn (Tiếp)
Hình 3.23. Đồ thị biểu diễn tỉ lệ % xuất hiện các dạng alen khác nhau tại các locut liên kết với QTLs chống chịu hạn sử dụng trong nghiên cứu
Ghi chú: ( + ) Xuất hiện alen có kích thước tương đương với đối chứng chuẩn kháng
( - ) Xuất hiện alen có kích thước tương đương với đối chứng chuẩn nhiễm
( * ) Xuất hiện alen có kích thước khác với các đối chứng
Dựa vào biểu đồ hình 3.23 về tỉ lệ % xuất hiện các dạng alen của 200 giống lúa nghiên cứu nhận thấy tỉ lệ xuất hiện dạng băng ADN có kích thước khác với 2 giống đối chứng chuẩn kháng và chuẩn nhiễm tại 5 locut cao hơn tỉ lệ xuất hiện alen có kích thước bằng các đối chứng. Tỉ lệ các giống xuất hiện alen bằng giống chuẩn kháng WAB880-1-38-18-18-P1-HB (ĐC 3) cao nhất tại locut RM 242 (24%) và RM 201 (23,5%). Trong khi đó, tỉ lệ các giống có xuất hiện alen bằng giống chuẩn nhiễm IR 64 (ĐC 4) tại 2 locut này lại thấp nhất (tương ứng 26,5% và 21,5%) và cao nhất là tại locut RM 3825 (37%).