Việc sắp xếp các chỉ mục chỉ bao gồm: 01 chỉ mục khơng gian (3D) để đặt vị trí đối tượng trong hệ toạ độ không gian và thời gian (thời gian là một trục giống như chiều khác của khơng gian). Vì đã có sẵn các cơng cụ để xử lý dữ liệu đa chiều (ví dụ như R-tree và các mở rộng của nó), do đó người khai thác thực hiện truy vấn và xử lý như đối với việc lập chỉ mục trong không gian 3D.
Ưu điểm của 3D R-tree là: thứ nhất nó rất dễ dàng để thực hiện vì cơ chế lập chỉ mục hoàn toàn dựa trên một khung cấu trúc dữ liệu không gian thống nhất R-tree và thứ hai nó làm tăng hiệu quả khơng gian vì nó khơng lưu trữ các đối tượng bị trùng lăp. Vì vậy trong nhiều cuộc thử nghiệm [11] truy vấn theo khoảng thời gian dài là hiệu quả nhất đối với phương pháp này.
Tuy nhiên nhược điểm của nó là thực hiện truy vấn trên khoảng thời gian ngắn và mốc thời gian là hạn chế vì quá trình thực hiện truy vấn mốc thời gian nó khơng những phụ thuộc vào các dữ liệu còn tồn tại tại mốc thời gian mà còn phụ thuộc vào tất cả các dữ liệu trong quá khứ, trong khi đó 3DR-tree nó khơng lưu trữ các trạng thái q khứ. Trong Hình 2.8 minh họa kích thước của hình hộp phụ thuộc vào nhiều đối tượng ở những mốc thời gian khác nhau. 3DR-tree có thể bị chồng chéo do 2 vấn đề: đầu tiên là đối tượng tồn tại trong một thời gian dài được thể hiện bằng hình hộp chữ nhật dài, thứ 2 khi đối tượng mới được chèn vào ở thời gian t, nó sẽ xố thời gian cũ vì vậy thời gian tồn tại mới của nó bắt đầu [t, tnow] trong đó tnow là một biến đại diện cho thời gian hiện tại, tnow được lưu trữ như một giá trị rất lớn để thời gian tồn tại của các đối tượng sẽ có một kết thúc chung.
x t