2.1.1. Vật liệu thí nghiệm
cDNA của phân đoa ̣n S 10 đƣợc nhân bản tƣ̀ RNA hệ gen của SRBSDV phân lâ ̣p tƣ̀ mẫu lúa bê ̣nh thu thâ ̣p ta ̣i Sơn La , do bộ môn Bê ̣nh ho ̣c P hân tƣ̉ thực vật, Viê ̣n Di truyền Nông nghiê ̣p (Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam) cung cấp. Vi khuẩn E.coli chủng DH5α và chủng Rossetta đƣợc cung cấp bởi Trung tâm Kỹ
thuật di truyền và Công nghệ sinh học Quốc tế (New Delhi, Ấn Độ). Chuột nhắt trắng dòng Swiss do Trƣờng Đại học Khoa học Tự nhiên cung cấp.
2.1.2. Hóa chất
Cặp oligonucleotide sử dụng làm mồi trong phản ứng PCR nhân bản đoạn gen P10 đƣợc thiết kế dựa trên trình tự đầy đủ của phân đoạn S10 đã đƣợc nhóm
nghiên cứu của Bộ mơn Bệnh học phân tử thực vật, Viện Di truyền Nông nghiệp (Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam) phân lập (bảng 1).
Bảng 1: Trình tự các cặp oligonucleotide sử dụng trong nghiên cứu
Tên mồi Trình tự mồi
S10-ORF-Fw 5'-AGAGGATCCATGGCTGACATAAGACTTG-3'
S10-ORF-Rv 5'-TCTCTCGAGTCATCTGGTGACTTTATTTAACAC-3'
SP6-Rv 5'-ATTTAGGTGACACTATAGATAC-3'
T7-Fw 5'-TAATACGACTCACTATAGGG-3'
T7-Rv 5'-GCTAGTTATTGCTCAGCGG-3'
Bộ kit tinh sạch plasmid GenJETTM Plasmid Miniprep, kit tinh sạch DNA từ gel agarose GenJETTM Gel Extraction, dNTPs, Taq DNA polymerase, thang DNA chuẩn 1kb đƣợc cung cấp bởi hãng Fermentas (Đức); bộ kit nhân dòng sản phẩm
PCR pGEMT Easy Vector System I củ a hãng Promega ; gel Ni-NTA dùng cho thí nghiệm tinh sạch protein đƣợc đặt mua từ hãng Invitrogen. Cột sắc ký ái lực protein-A của hãng Pierce. Thang chuẩn protein Bench mark prestain, Novex sharp unstain của hãng Invitrogen. Các hóa chất cơ bản khác sử dụng cho sinh học phân tử đƣợc mua của công ty Sigma và Merk (Mỹ) đều đạt độ tinh khiết cần thiết dùng cho sinh học phân tử.
2.1.3. Thiết bị
Máy PCR 9700 của hãng Applied Biosystem, hệ thống điện di agarose, hệ thống điện di polyacrylamide của hãng Biorad. Máy ly tâm Universal 30RF của hãng Hettich, Biofuge 28RS của hãng Heraus. Máy chụp ảnh huỳnh quang Firereader của hãng UVItec.