Các thông tin trong Mapinfo có thể tổ chức theo dạng bảng (table) hoặc theo các lớp đối tượng.
Trong dạng bảng, mỗi bảng là một tập hợp các file về thông tin đồ hoạ hoặc phi đồ hoạ chứa các bản ghi dữ liệu mà hệ thống tạo ra. Chỉ có thể truy nhập vào các chức năng của Mapinfo khi đã mở ít nhất một Table.
Trong dạng lớp đối tượng, mỗi một lớp thông tin chỉ thể hiện một khía cạnh của mảng bản đồ tổng thể. Lớp thông tin là một tập hợp các đối tượng thuần nhất, thể hiện và quản lý các đối tượng địa lý trong không gian theo một chủ thể cụ thể, phục vụ một mục đích cụ thể nhất định trong hệ thống. Có thể coi mỗi Table là một lớp đối tượng. Với cách tổ chức thông tin theo lớp đối tượng, phần mềm Mapinfo có thể xây dựng thành các khối thông tin độc lập cho các mảnh bản đồ máy tính.
48 Một mảnh bản đồ máy tính là sự chồng xếp các lớp thông tin lên nhau. Điều này giúp cho việc thành lập các bản đồ máy tính linh hoạt hơn theo các cách tập hợp các lớp thông tin khác nhau trong hệ thống. Dễ dàng thêm vào mảnh bản đồ đã có các lớp thông tin mới hoặc xoá đi các lớp đối tượng không cần thiết.
Một đặc điểm khác biệt của các thông tin trong GIS so với các thông tin trong các hệ đồ hoạ máy tính khác là sự liên kết chặt chẽ, không thể tách rời giữa các thông tin thuộc tính với các đối tượng bản đồ. Trong cơ cấu tổ chức và quản lý, cơ sở dữ liệu Mapinfo được chia làm hai thành phần cơ bản: cơ sở dữ liệu thuộc tính và cơ sở dữ liệu bản đồ. Các bản ghi trong các cơ sở dữ liệu này được quản lý
độc lập, nhưng được liên kết với nhau thông qua chỉ số ID, được quản lý và lưu trữ
chung cho cả hai loại bản ghi nói trên.